【2026年10月から適用】免税事業者仕入の控除率変更｜経理担当者が押さえる仕訳・設定・運用

2026年10月1日から、免税事業者からの仕入れで控除できる消費税の割合が80%から70%に下がりました。令和8年度の税制改正で経過措置のスケジュールが見直され、控除できる割合はこの先も段階的に下がります。

本記事では、新しい控除率のスケジュールを仕訳例とあわせて整理します。9月と10月をまたぐ取引の扱いや、1社あたり年1億円の上限、会計ソフトの設定など、経理担当者がすぐに確認すべき点もまとめました。

こんな方にオススメ

• 10月以降の控除率や仕訳が正しいか確認したい方
• 会計ソフトの税区分や、社内マニュアルの更新が必要か判断したい方

この記事を読むと...

• 80%・70%・50%・30%それぞれの仕訳と、仕入原価への影響が分かる
• 期間をまたぐ取引や1億円上限など、実務で迷いやすい点の判断方法が分かる

免税事業者仕入税額控除の基本を整理する

2026年10月の改正で何が変わったかを理解するために、まず制度の土台を確認します。

仕入税額控除とは？

仕入税額控除は、仕入れや経費の支払いで負担した消費税を、売上で預かった消費税から差し引ける仕組みです。取引の段階ごとに消費税が二重にかかるのを防ぐ役割があります。

インボイス制度のもとで控除を受けるには、原則として適格請求書（インボイス）と帳簿の両方を保存しておく必要があります。

▲関連記事：免税事業者とは？免税事業者となる条件やメリット、インボイス制度による影響を解説

免税事業者とは？

免税事業者は、基準期間（法人は原則として前々事業年度）の課税売上高が1,000万円以下などの条件を満たし、消費税の納税義務が免除されている事業者です。

インボイス発行事業者として登録していないため、インボイスを発行できません。

項目	免税事業者	課税事業者（インボイス登録済）
消費税の申告・納付	不要	必要
インボイスの発行	できない	できる
買い手側の仕入税額控除	経過措置の範囲内のみ	全額控除できる

▲関連記事：インボイスの仕入税額控除とは？知らないと損する仕組みと経過措置を簡単に解説

従来のスケジュール（改正前）

改正前は、80%の期間が終わると50%の期間が3年続き、2029年10月以降は控除できない予定でした。

期間	改正前の控除率
2023年10月1日～2026年9月30日	80%
2026年10月1日～2029年9月30日	50%
2029年10月1日以降	控除できない

令和8年度の税制改正で、この経過措置は引き下げ幅を小さくし、期間を延ばす形に見直されました（詳しくは後述します）。

免税事業者から仕入れた場合の控除可否

インボイス発行事業者ではない相手（免税事業者や消費者など）からの仕入れは、原則として仕入税額控除を受けられません。ただし経過措置により、一定の割合だけを控除できる期間が設けられています。

経過措置を受けるには、次の2つの保存が必要です。

• 帳簿：通常の記載事項に加え、「70%控除対象」「免」などと、経過措置の対象であることを記載する
• 請求書等：区分記載請求書と同じ記載事項を満たすもの。一部の記載が抜けている場合は、受け取った側が追記しても構いません

実際の仕訳例

免税事業者からの仕入税額控除に関して、実際の会計仕訳がどのようになるのかは経理担当者にとって大きな関心事です。

ここでは、税抜100,000円・消費税10,000円の仕入れを例に、控除率ごとの違いを比べます（地方消費税を含めた10%で簡略化して計算しています）。

項目	課税事業者から	免税事業者から（80%）	免税事業者から（70%）
仕入金額（税抜）	100,000円	100,000円	100,000円
仮払消費税	10,000円	8,000円	7,000円
仕入（原価に計上）	100,000円	102,000円	103,000円
支払額	110,000円	110,000円	110,000円
控除できない額	なし	2,000円	3,000円

課税事業者から仕入れた場合（控除率100%）

課税事業者（インボイス登録済）から仕入れた場合は、消費税分を全額「仮払消費税」として処理し、後に売上消費税から差し引くことが可能です。

たとえば、税抜100,000円の仕入に対し消費税10,000円の場合、（借方）仕入100,000円、（借方）仮払消費税10,000円、（貸方）現金110,000円という仕訳となります。

借方	金額	貸方	金額
仕入	100,000円	現金	110,000円
仮払消費税	10,000円

免税事業者から仕入れた場合（～2026年9月30日：80%）

免税事業者（インボイス未登録）からの仕入については、経過措置により控除できる消費税額が80%に限定されています。

借方	金額	貸方	金額
仕入	102,000円	現金	110,000円
仮払消費税	8,000円

免税事業者から仕入れた場合（2026年10月1日～：70%）

2026年10月1日より、控除できる消費税額が70%に引き下げられます。

借方	金額	貸方	金額
仕入	103,000円	現金	110,000円
仮払消費税	7,000円

控除できない3,000円は仕入原価に含めます。支払額は同じでも、利益は控除率が下がった分だけ減る点に注意が必要です。

▲関連記事：【2026年10月対応】80%控除の帳簿記載は何が必要？インボイス経過措置の実務ポイントを解説

2026年10月以降の控除率は従来より小刻み

税制改正大綱で示された今後のスケジュール

改正後は、控除率が4段階で下がります。控除率が軽減されても慌てず対応できるよう、事前の対策や実務上の注意点にも触れていきます。まずは主要な検討事項を確認しましょう。

期間	改正後の控除率	仮払消費税（例）	仕入原価（例）
2023年10月1日～2026年9月30日	80%	8,000円	102,000円
2026年10月1日～2028年9月30日	70%	7,000円	103,000円
2028年10月1日～2030年9月30日	50%	5,000円	105,000円
2030年10月1日～2031年9月30日	30%	3,000円	107,000円
2031年10月1日以降	控除できない	0円	110,000円

※（例）は税抜100,000円・消費税10,000円の場合

9月と10月をまたぐ取引はどちらの率？

適用する割合は、課税仕入れを行った時期で判断します。請求書の日付や支払日で判断するわけではありません。

国税庁Q&Aでは、9月21日に始まり10月20日に完了した役務の提供で、代金を10月31日に支払う例が示されています。商品の仕入れの場合とあわせて、確認しましょう。

参考：国税庁　令和８年10月１日前後の取引に係る免税事業者等からの仕入れに係る経過措置の適用

1社あたり年1億円の上限に注意

2026年10月1日以後に開始する課税期間からは、同じ免税事業者等からの仕入れが、年（または事業年度）で税込1億円を超える場合、超えた部分には経過措置を使えません。改正前（2024年10月1日～2026年9月30日に開始する課税期間）の上限は10億円でした。

外注先や仕入先が多い企業では、取引先ごとに年間の仕入額を集計できる状態にしておくと安心です。

▲関連記事：【2026年最新】基礎控除引き上げ＋インボイス経過措置｜経理が押さえる令和8年税制改正の要点

控除率が軽減しても事前に対策を

引き下げ幅は小さくなりましたが、控除率が下がり続けることに変わりはありません。

最終的には控除できなくなるため、取引条件の見直しは計画的に進めておきましょう。

特に施行までの期間が短い場合、現場が混乱しやすくなるため、事前準備が決定的に重要です。過去の調査でも、インボイス制度導入初期に混乱なく対応できた企業は全体の3割未満でした。

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仕入税額控除の変更が経理業務に与える影響

2026年10月から免税事業者からの仕入税額控除率が見直されることを受けて、経理実務にもさまざまな調整が必要です。

控除率の変更は、日々の仕訳入力にも影響を及ぼします。特に経過措置期間中は複数の控除率が併存するため、担当者が誤った控除率を適用するリスクが高まります。

ここでは、具体的にどのような業務上の影響が想定されるのか、主なポイントを整理し、それぞれの課題を深掘りしていきます。

会計ソフトやシステムの設定変更が必要になる

控除率が変更される場合、会計ソフトや業務システムの設定を見直し、マスターデータの更新も必要となります。2026年10月以降は控除率が70%へ変更されますが、適用時期や控除対象の判断基準も、ソフト側で正しく反映されている必要があります。

設定作業が遅れると、誤った控除額で処理されるリスクが高まります。また、会計システムのバージョンアップやマニュアルの改訂も発生しやすい時期です。

実務上は、ベンダーからの情報収集や、現行データとの突き合わせも欠かせません。現場での混乱を防ぐため、早めのテスト運用や設定変更の手順書作成を進めておくと安心です。

仕訳入力時の控除率適用ミスのリスク

10月の前後は、9月分の請求書が10月に届くなど、80%と70%の取引が入り混じります。請求書の受領日ではなく課税仕入れの日で税区分を選んでいるか、重点的にチェックしましょう。

入力時に適用すべき控除率を誤ると、税額計算のミスや申告漏れにもつながりかねません。リスクを減らすには、社内でのルール徹底やチェック体制の強化、定期的な担当者教育が欠かせません。

適用時期ごとの控除率一覧を手元に置くなど、現場での工夫も有効です。

▲関連記事：インボイス対応後の仕訳入力はこう変わる！実例付きでわかりやすく解説

仕入先との取引条件見直しが求められる

控除できない消費税が増えると、自社の負担が大きくなります。インボイス登録の意向を確認したり価格を交渉したりする場合は、独占禁止法などの関連法令上の問題がないよう、一方的な値下げにならない進め方が大切です。

経理担当者としては、価格交渉や契約条件の見直しを社内外で調整する場面が増えることも考えられます。取引先との信頼関係を維持するためにも、事前に最新の制度変更内容を共有し、双方納得できる形での条件見直しを進めることが重要です。

▲関連記事：【違法？】免税事業者に消費税を払わないとどうなる？インボイス制度に当てはめて解説

経理担当者が押さえておくべき注意点

免税事業者からの仕入税額控除に関する控除率は、今後も段階的な見直しが予定されているため、経理担当者は常に最新の情報を把握し、社内の体制や業務フローを柔軟に調整する必要があります。

ここでは実務で押さえておきたい三つのポイントを整理します。

最新の控除率情報を常にチェックする

国税庁のインボイスQ&Aは、税制改正のたびに改訂されています。

財務省や関連省庁の公式発表、報道を日常的にウォッチし、確定情報が出次第すぐに自社の会計システムや業務マニュアルへ反映させることが求められます。

情報のキャッチアップが遅れると、誤った控除率で処理してしまうリスクや、課内全体の業務に支障が出る場合もあるため注意しましょう。

社内で控除率変更の周知とマニュアル整備を進める

控除率の変更は、経理担当者だけでなく、仕入れ担当や経理補助、他部門にも影響を与えます。情報が一部の担当者だけに留まってしまうと、入力ミスや伝達漏れが発生しがちです。

控除率変更は今後も発生するので、マニュアル更新と共有は常にできるようにしておきましょう。

確認項目	担当	確認のタイミング
税区分の設定（70%）	経理・システム担当	10月の締め前
期間をまたぐ取引の判断基準	経理	月次決算時
免税事業者の一覧の更新	経理・購買	四半期ごと
取引先ごとの年間仕入額（1億円上限）	経理	毎月

▲関連記事：インボイスの登録状況が分からない！確認方法と登録番号の調べ方

シミュレーションでコスト増加を事前に把握する

免税事業者からの年間仕入額に「10% ×（100% − 控除率）」を掛けると、控除できない消費税の目安が分かります。たとえば年間の仕入額（税抜）が1,000万円なら、70%の期間は約30万円、50%の期間は約50万円が原価に上乗せされます。

免税事業者からの仕入れが多い場合は、控除不可部分が増え、仕入原価が上昇します。これにより利益率の低下や、仕入先との取引条件見直しが必要となる可能性もあります。

早い段階で数値を具体的に把握し、経営層や関係部門と共有することで、先手を打った対応策やコスト管理が可能になります。

▲関連記事：インボイスの消費税計算方法を徹底解説！複数請求書や経過措置の計算例も

最新の制度変更に備えて今から準備を始めよう

2026年10月から、免税事業者からの仕入れで控除できる割合は70%になりました。今後は50%、30%と下がり、2031年10月以降は控除できなくなります。

まずは税区分の設定、課税仕入れの日による判断、取引先ごとの1億円上限の3点を確認しましょう。そのうえで、仕入先と段階的に話し合いを進めることが大切です。

控除率の変更対応とあわせて、インボイス実務全体の確認漏れも防ぎましょう。登録番号・保存ルール・年末年始の期限をまとめて確認したい方は、インボイス制度の総点検チェックリストをご覧ください。

▲関連記事：インボイス制度の総点検 | 70%控除・登録番号・年末年始の期限をチェックリストで確認