非課税業者はインボイス登録が必要？非課税取引・免税事業者との違いと判断基準を解説

更新日：2026.08.31

ー目次ー

「非課税の取引をしている事業者も、インボイス制度に登録しなければならないのか」と迷う方もいるでしょう。

結論からいうと、非課税取引だけを行うのであれば、その取引についてインボイスを発行する必要はありません。ただし、「非課税取引」と「免税事業者」は意味が異なり、課税取引も行っている場合は取引先との関係によって登録を検討する必要があります。

この記事では、非課税取引と免税事業者の違い、インボイス登録が必要・不要となる判断基準、登録した場合の税負担、2026年度税制改正で変わる経過措置までわかりやすく解説します。

まず確認｜「非課税取引」と「免税事業者」は別の意味

「非課税業者」という言葉は日常的に使われることがありますが、インボイス制度を理解するうえでは、「非課税取引」と「免税事業者」を分けて考えることが重要です。

用語	意味	インボイスとの関係
非課税取引	消費税の性格や社会政策上の理由から、消費税を課さない取引	その取引自体には原則としてインボイスは不要
免税事業者	一定の要件により消費税の納税義務が免除されている事業者	インボイス発行事業者に登録していなければ適格請求書を発行できない
課税事業者	消費税の申告・納付義務がある事業者	登録を受ければインボイスを発行できる

つまり、「非課税のサービスを提供している」ことと、「事業者自身が免税事業者である」ことは別の話です。まず自社の取引が課税・非課税のどちらか、次に自社が課税事業者・免税事業者のどちらかを確認すると判断しやすくなります。

消費税が非課税となる取引には、たとえば次のようなものがあります。

土地の譲渡・貸付け

住宅の貸付け（一定の要件を満たすもの）

社会保険医療の給付等

介護保険サービスや社会福祉事業等の一定のサービス

学校教育に関する一定の授業料・入学金など

ただし、同じ事業者でも課税取引と非課税取引が混在することがあります。たとえば医療機関でも、自由診療など取引内容によって課税関係が異なるため、「業種」だけでインボイスの要否を決めないようにしましょう。

インボイスは、買手が課税仕入れについて仕入税額控除を受けるために保存する書類です。そもそも消費税が課されない非課税取引では、控除する仕入税額が発生しないため、その取引について適格請求書を発行する必要はありません。

したがって、今後も非課税取引だけを行う事業者であれば、「取引先にインボイスを発行するためだけに登録する」という必要性は通常ありません。

一方で、課税取引も行っている場合は、その課税取引について取引先がインボイスを必要とするかを確認する必要があります。

非課税取引が中心でも、物品販売、自由診療、コンサルティングなど課税取引がある場合は、その部分についてインボイスの発行ニーズが生じます。課税取引の売上規模と取引先の属性を確認しましょう。

買手が本則課税で仕入税額控除を受ける場合、原則としてインボイスの保存が必要です。自社が免税事業者のまま課税取引を行うと、取引先側で控除できる税額に制限がかかるため、継続取引や価格交渉に影響する可能性があります。

現時点では非課税取引が中心でも、事業拡大によって課税売上が増える見込みがあるなら、登録後の事務負担や納税額まで含めて早めに比較しておくと安心です。

免税事業者が適格請求書発行事業者として登録すると、登録日以後は課税事業者となり、課税売上について消費税の申告・納付が必要になります。請求書への登録番号等の記載や、帳簿・請求書の保存といった実務も増えます。

登録したからといって、これまで非課税だった取引が課税取引に変わるわけではありません。住宅の貸付けや一定の社会保険医療など、法令上の非課税取引は登録後も非課税です。

インボイス制度を機に免税事業者から課税事業者になった小規模事業者には、税負担を抑える特例があります。

制度	対象期間・対象者	概要
2割特例	2023年10月1日〜2026年9月30日までの日の属する課税期間	一定の要件を満たす事業者は、納付税額を売上税額の2割にできる
3割特例	個人事業者の令和9年分・令和10年分	一定の要件を満たす個人事業者は、納付税額を売上税額の3割にできる。法人は対象外

いずれも適用要件があります。自社が対象になるかは、基準期間の課税売上高や登録時期などを確認してください。

買手側の論点として重要なのが、インボイス発行事業者以外からの課税仕入れに対する経過措置です。2026年度税制改正で、従来予定されていた控除割合と期間が見直されました。