一般社団法人がインボイス登録しないとどうなる？会員への影響と免税事業者のままいる場合の注意点

更新日：2025.07.29

ー目次ー

一般社団法人として、インボイス制度への対応が必要かどうか、迷っていらっしゃいませんか？本記事では、登録の義務があるのかどうかをはじめ、インボイス登録をしない場合に会員や取引先にどのような影響が生じるかを、実務目線でわかりやすく解説いたします。免税事業者のままでいるメリット・デメリットも整理し、自法人の実態に応じて最善の選択ができるよう、判断材料をご提供いたします。

そもそも一般社団法人にインボイス登録は必要？

結論から言うと、一般社団法人であってもインボイスの登録は法律上の義務ではなく、あくまでも任意です。しかし、法人の事業内容や会員・取引先の状況によっては、登録しないことで事業運営に影響が出る可能性があるため、慎重な判断が求められます。

まずはインボイス制度の基本を理解し、ご自身の法人がどのような状況にあるのかを正しく把握することから始めましょう。

インボイス制度の基本と一般社団法人の関係性をわかりやすく解説

インボイス制度（正式名称：適格請求書等保存方式）とは、2023年10月1日から開始された、消費税の仕入税額控除に関する新しい仕組みです。買い手側（支払い側）が消費税の仕入税額控除を受けるためには、原則として売り手側（受け取り側）から交付された「適格請求書（インボイス）」の保存が必要になりました。

このインボイスを発行できるのは、税務署に申請し登録を受けた「適格請求書発行事業者」のみです。そして、この登録事業者になれるのは消費税の課税事業者に限られます。

一般社団法人の収入には、主に会費や事業収入、寄付金などがありますが、それぞれ消費税の扱いが異なります。インボイス制度との関係性を理解するために、まずは収入ごとの消費税の課税関係を確認しておきましょう。

一般社団法人の主な収入	消費税の課税関係	インボイス制度との関連性
通常の会費・入会金	原則として不課税（対価性がないため）	インボイスの発行は不要
セミナー参加費・サービス利用料などの事業収入	課税対象（対価性があるため）	取引先が課税事業者であればインボイス発行を求められる可能性あり
寄付金	不課税（対価性がないため）	インボイスの発行は不要

このように、一般社団法人でもセミナー開催や物品販売など、対価性のある事業収入がある場合は、インボイス制度と無関係ではいられません。特に、その収入の支払元が法人などの課税事業者である場合に、インボイス登録の必要性が高まります。

一般社団法人がインボイス必要になるケース

インボイス登録が必要になるかどうか、具体的には、以下のようなケースでインボイス登録の必要性が高くなります。

会員や取引先に課税事業者（法人や個人事業主）が多い場合
会員となっている法人が、支払う会費を経費として計上し、消費税の仕入税額控除を受けたいと考えているケースです。また、セミナー参加費やサービス利用料を支払う取引先が課税事業者である場合も同様です。相手方は仕入税額控除のためにインボイスを必要とするため、発行できないと取引の見直しや、控除できない消費税相当額の値引きを要求される可能性があります。
法人自身がすでに課税事業者である場合
基準期間（前々事業年度）の課税売上高が1,000万円を超えている一般社団法人は、すでに消費税の課税事業者です。納税義務がある以上、取引先の多くはインボイス発行を当然のことと期待します。この状況でインボイス登録をしないデメリットは大きいため、登録するのが一般的です。
新規の法人会員や法人向けサービスを拡大したい場合
今後、法人を対象とした会員獲得や事業展開を考えている場合、インボイスを発行できることは重要なアピールポイントになります。インボイスを発行できないことが、新規取引の障壁となることを避けるため、登録を検討する価値があります。

一方で、会員や取引先が一般消費者や免税事業者のみで、今後もその方針が変わらない場合は、インボイス登録の必要性は低いと言えるでしょう。

一般社団法人がインボイス登録しない場合どうなる？具体的な影響とは

一般社団法人がインボイス（適格請求書）発行事業者として登録しない選択をした場合、法人自身だけでなく、その会員や取引先にも様々な影響が及ぶ可能性があります。具体的にどのような影響が考えられるのか、3つの視点から詳しく見ていきましょう。

会員への影響｜仕入税額控除ができなくなる

会員の中に消費税の課税事業者がいる場合、その会員の税負担に直接的な影響が出ます。一般社団法人がインボイスを発行できないと、会員は支払った会費や事業の対価として支払う参加費などに含まれる消費税額を、自社の納税額から差し引く「仕入税額控除」を適用できなくなるためです。

例えば、課税事業者の会員が年会費11,000円（税率10%の場合、本体価格10,000円、消費税1,000円）を支払ったとします。インボイスがなければ、この1,000円分を控除できず、その分だけ会員の納税負担が増加してしまいます。これは会員にとって実質的な負担増となり、不利益につながる可能性があります。

項目	法人がインボイス登録している場合	法人がインボイス登録していない場合
会員の仕入税額控除	可能	原則として不可（※）
会員の実質的な負担	変化なし	消費税分の負担が増加する

※インボイス制度開始後6年間は、免税事業者からの仕入れについても一定割合を控除できる経過措置が設けられています。

課税事業者の取引先への影響｜取引継続が難しくなる可能性

会員だけでなく、法人と取引のある課税事業者（例：イベントのスポンサー、広告掲載主、業務委託先など）にも同様の影響が及びます。取引先は、貴法人への支払いについて仕入税額控除ができないため、その分のコスト負担が増えてしまいます。

その結果、取引先から消費税相当額の値引きを要求されたり、インボイスを発行できる他の事業者との取引を優先されたりする可能性があります。最悪の場合、長年続いていた取引が見直されたり、新規契約の獲得が困難になったりするリスクも考えられます。

法人自身の収益への間接的な影響

会員や取引先への影響は、巡り巡って法人自身の収益にも間接的な影響を及ぼします。課税事業者の会員にとっては、会費が実質的に値上がりするのと同じ意味を持つため、インボイス未登録を理由に退会者が出るかもしれません。

また、インボイスを発行できないことで、スポンサー獲得や新規会員募集に支障が出る可能性もあり、長期的には事業活動の縮小につながるおそれがあります。

一般社団法人が免税事業者のままいる場合のメリット・デメリット

ここでは、免税事業者を継続する場合のメリットとデメリットを具体的に解説しますので、法人の実態に合わせて慎重に判断しましょう。

免税事業者のままでいるメリット！インボイス非登録の利点とは

一般社団法人がインボイス登録をせず、免税事業者のままでいることには、主に2つの大きなメリットが存在します。

消費税の納税義務が免除される

最大のメリットは、消費税の納税義務が引き続き免除される点です。課税売上高が1,000万円以下の免税事業者は、会員から受け取る会費や事業収入に消費税が含まれていたとしても、それを国に納める必要がありません。これにより、法人の資金繰りにおいて有利に働く場合があります。

経理・事務負担が軽減される

インボイス制度に対応する場合、適格請求書の発行・保存や、消費税の計算・申告といった複雑な経理業務が発生します。免税事業者のままであれば、これらの新たな事務負担は一切生じません。特に、専任の経理担当者がいない小規模な一般社団法人にとっては、現状の運用を変えずに済むという点は大きな利点と言えるでしょう。

インボイス未登録によるデメリットと想定リスクは？

一方で、免税事業者のままでいることにはデメリットやリスクも伴います。特に、取引先や会員が課税事業者である場合に影響が大きくなります。

取引の縮小や価格交渉、契約解除のリスク

貴法人がインボイスを発行できない場合、課税事業者である取引先は、貴法人への支払いにかかる消費税額を仕入税額控除として計上できません。これにより取引先の税負担が増えるため、その負担分を補うための値引きを要求されたり、インボイスを発行できる他の事業者との取引に切り替えられたりするリスクが考えられます。

新規の課税事業者との取引機会を失う可能性

インボイス登録の有無は、新規の取引を開始する際の判断基準の一つになり得ます。特に企業や官公庁といった課税事業者との新たな事業を検討する際、インボイス未登録であることが原因で、取引の候補から外されてしまう可能性があります。これは、法人の事業拡大の機会を損失することにつながります。

Q&A｜一般社団法人とインボイスに関するよくある質問

ここでは、一般社団法人のインボイス制度に関する具体的な疑問について、Q&A形式でわかりやすく解説します。多くの担当者が抱える細かな疑問点を解消していきましょう。

Q1. 一般社団法人の会費はインボイス（適格請求書）の対象になりますか？

会費に「対価性」があるかどうかで異なります。対価性とは、提供するサービスと支払われる会費の間に明確な関係があることを指します。インボイスの発行が必要になるのは、対価性のある取引（課税取引）の場合のみです。

会費の種類

インボイスの要否

具体例

対価性がある会費

（課税取引）

原則として必要

会費を支払うことで、セミナーや研修に無料で参加できる
会員限定の施設利用権やサービス提供が含まれる
会報誌や機関誌などの物品提供が会費に含まれる

対価性がない会費

（不課税取引）

不要

会員としての地位を維持するためだけに支払う年会費や入会金
会員であること以外に、特定のサービス提供が約束されていない

自法人の会費がどちらに該当するか不明な場合は、定款や会員規約を確認し、会費と提供サービスの関連性を整理することが重要です。判断に迷う場合は、税理士や所轄の税務署に相談することをおすすめします。

Q2. インボイス登録の申請手続きと期限を教えてください。

インボイス発行事業者になるためには、税務署への登録申請が必要です。

申請手続きの方法

「適格請求書発行事業者の登録申請書」を作成し、納税地を所轄する税務署長に提出します。申請は、パソコンやスマートフォンから行えるe-Tax（電子申請）がスムーズでおすすめです。もちろん、書面で作成して郵送または持参することも可能です。

申請期限

原則として、登録を受けたい課税期間の初日の前日から起算して1か月前の日までに申請書を提出する必要があります。登録が完了すると、税務署から登録番号が通知されます。

Q3. 会員からの寄付金や国・自治体からの補助金にもインボイスは必要ですか？

いいえ、原則として寄付金や補助金にインボイスの発行は不要です。

寄付金、会費（対価性のないもの）、補助金、助成金などは、事業として行うサービスの対価として受け取るものではないため、「不課税取引」に該当します。課税取引ではないため、消費税はかからず、インボイスを発行する必要もありません。会員や支援者に対して、寄付金の領収書を発行する際も、インボイスの形式にする必要はありません。

Q4. 一般社団法人でも簡易課税制度を選択できますか？

はい、条件を満たせば選択可能です。事務負担の軽減につながるため、多くの法人にとって有効な選択肢となります。

簡易課税制度を選択できる条件

基準期間（法人の場合は前々事業年度）の課税売上高が5,000万円以下であることが条件です。この条件を満たす一般社団法人は、簡易課税制度を選択できます。

メリットと手続き

簡易課税制度を適用すると、預かった消費税額に事業区分ごとの「みなし仕入率」を掛けて納付税額を計算できます。これにより、経費一つひとつのインボイスを収集・保存し、仕入税額控除を計算する手間が大幅に省けます。一般社団法人が行う事業の多くは、サービス業等として「第5種事業（みなし仕入率50%）」に該当します。制度を利用するには、適用を受けたい課税期間の初日の前日までに「消費税簡易課税制度選択届出書」を所轄の税務署に提出する必要があります。