課税事業者がインボイス登録しないとどうなる？損得の判断基準を解説

インボイス制度(304)

更新日：2026.08.31

ー目次ー

インボイス発行事業者への登録は任意です。課税事業者であっても、登録するかどうかは自分で決められます。

ただし、課税事業者の場合は「登録しない＝消費税を納めなくてよい」ではありません。登録の有無にかかわらず消費税の申告と納付は必要で、登録しなければインボイスを発行できない状態だけが残ります。

この記事では、課税事業者が登録しない場合に何が起きるのか、それでも登録しない判断に合理性があるのはどういう事業者かを整理します。あわせて、登録と取りやめの手続き、使える特例についても解説します。

結論：登録しなくても消費税は納める。免税事業者とは前提が違う

免税事業者と課税事業者では「登録しない」の意味が違う

インボイス登録の議論は免税事業者を前提に語られることが多いのですが、課税事業者の場合は判断の構図がまったく異なります。

	免税事業者が登録しない場合	課税事業者が登録しない場合
消費税の納税義務	なし	あり（登録の有無と関係ない）
申告・記帳の事務負担	なし	あり
インボイスの発行	できない	できない
登録しないことで得られるもの	納税義務と事務負担を負わずに済む	公表サイトに掲載されない程度

免税事業者にとって「登録しない」は、納税義務を負わないという実利と引き換えの選択です。一方、課税事業者にはその実利がありません。納税と事務負担は変わらないまま、インボイスを発行できないという状態だけが残ります。

登録しない課税事業者に実際に起きること

登録していない課税事業者が発行する請求書には、登録番号を記載できません。受け取った買い手は、その請求書では仕入税額控除ができません。

買い手から見ると、免税事業者から受け取った請求書と扱いは同じです。実際には消費税を納めている取引先であっても、買い手にはその区別がつきません。ここが、課税事業者が登録しない場合のもっとも不利な点です。

登録しないと取引先に何が起きるか

買い手は仕入税額控除ができなくなる

買い手が仕入税額控除を受けるには、原則としてインボイスの保存が必要です。登録番号のない請求書しか受け取れない場合、買い手はその分の消費税を控除できず、自社の納税額が増えます。

取引先が課税事業者で、かつ本則課税で申告している場合、この負担はそのまま取引条件の見直し圧力になります。

経過措置は2026年10月に70%へ。買い手の負担は段階的に増える

インボイス発行事業者以外からの仕入れについては、一定割合を控除できる経過措置があります。令和8年度税制改正で内容が見直され、控除割合と期間は次のようになりました。

期間	控除できる割合
2023年10月1日〜2026年9月30日	80%
2026年10月1日〜2028年9月30日	70%
2028年10月1日〜2030年9月30日	50%
2030年10月1日〜2031年9月30日	30%
2031年10月1日以降	控除できない

改正前は2026年10月に80%から50%へ一度に下がり、2029年9月末で終了する予定でした。改正によって下げ幅がなだらかになり、終了時期も2年延びています。

ただし、下がっていく方向であることは変わりません。買い手が負担する差額は年を追うごとに大きくなるため、登録しないままでいると取引条件の見直しを求められる場面は増えていきます。

値下げを求められたときの考え方

買い手が控除できない分を理由に値下げを求めてくることがあります。協議のうえで合意した価格改定であれば問題になりませんが、一方的に代金を減額する行為は別です。

2026年1月に施行された取適法（中小受託取引適正化法）では、価格に関する協議に応じないまま一方的に代金を決めることが禁止されています。また、取引上の立場の差を背景に一方的な不利益を与える行為は、独占禁止法の優越的地位の濫用として問題になり得ます。

求められた減額に応じるかどうかは、控除できない金額を自分で試算したうえで判断してください。仕入額に含まれる消費税の20%（2026年10月以降は30%）が、買い手が実際に負担する金額の目安です。

登録しない選択に合理性がある事業者

判断の目安

登録しないことが不利になるかどうかは、売上の相手が誰かでほぼ決まります。

売上の相手	インボイスの必要性	登録しない選択
本則課税の課税事業者	必要とされる	不利になりやすい
簡易課税・2割特例の事業者	仕入税額控除に使わないため不要	影響は小さい
免税事業者	不要	影響はない
一般消費者	不要	影響はない

消費者向けの事業が中心の場合

飲食店、美容室、小売店、学習塾など、売上の相手が一般消費者に偏っている事業では、取引先からインボイスを求められる機会がほとんどありません。

この場合、登録しても発行の事務負担が増えるだけで、得られるものが少ない状態になります。ただし、法人の接待利用や経費精算で領収書を求められる業種では、まったく需要がないとは言い切れません。過去1年分の売上のうち、事業者向けがどの程度あるかを確認してから判断してください。

取引先が免税事業者や簡易課税の事業者に偏っている場合

簡易課税制度を選択している事業者は、みなし仕入率で消費税を計算するため、仕入先のインボイスを必要としません。2割特例を適用している事業者も同じです。

取引先の申告方法を正確に把握することは難しいものの、小規模な事業者との取引が中心であれば、インボイスを求められる頻度は低くなります。

課税事業者は2割特例を使えない。受け皿は簡易課税

2割特例と3割特例の対象

登録によって納税負担が増えることを心配する声がありますが、課税事業者の場合、登録しても納税額は変わりません。もともと納めているためです。

負担軽減の特例についても、対象を正確に押さえておく必要があります。

特例	対象	期間
2割特例	インボイス制度を機に免税事業者から課税事業者になった事業者。もともと課税事業者である場合は対象外	令和8年9月30日を含む課税期間まで（個人事業者は令和8年分が最後）
3割特例	2割特例の対象だった個人事業者のみ。法人は対象外	令和9年分・令和10年分
簡易課税制度	基準期間の課税売上高が5,000万円以下の事業者。もともと課税事業者でも選択できる	期限なし

つまり、基準期間の課税売上高が1,000万円を超えている課税事業者にとって、選べる軽減策は簡易課税制度だけです。

簡易課税制度の要件とみなし仕入率

簡易課税制度は、実際の仕入れを集計せず、売上税額にみなし仕入率を掛けて仕入控除税額を計算する方法です。基準期間の課税売上高が5,000万円以下であることが条件になります。

納税額は「売上税額－（売上税額×みなし仕入率）」で求めます。みなし仕入率は業種によって次のように分かれます。

事業区分	業種	みなし仕入率
第1種事業	卸売業	90%
第2種事業	小売業、農林水産業（食用）	80%
第3種事業	製造業、建設業、農林水産業（非食用）など	70%
第4種事業	第1種から第3種、第5種、第6種以外。飲食店業など	60%
第5種事業	運輸通信業、金融業、保険業、サービス業（飲食店業を除く）	50%
第6種事業	不動産業	40%