3万円以上の定期券｜インボイス対応で損しないための基本ルールや特例

更新日：2025.07.01

ー目次ー

3万円以上の定期券を購入する際、「インボイスは必要なの？」「経費精算で何に気をつければいいの？」と迷われたことはありませんか？本記事では、インボイス制度の基本にふれながら、3万円以上の定期券でもインボイスの保存が不要となる「公共交通機関特例」の条件、帳簿の記載ルールまでを分かりやすく整理しています。経理担当の方はもちろん、通勤手当の申請に関わる方にも役立つ内容ですので、ぜひ参考にしてください。

インボイス制度と定期券購入の基礎知識

インボイス制度（適格請求書等保存方式）は、私たちの生活や事業活動に様々な影響を与えています。特に、日常的に利用する機会のある定期券の購入についても、この新しい制度との関連性を理解しておくことが重要です。この章では、インボイス制度の基本的な概要と、定期券購入がどのように関わってくるのかを分かりやすく解説します。

インボイス制度の概要を分かりやすく解説

インボイス制度とは、消費税の仕入税額控除の適用を受けるために、原則として「適格請求書（インボイス）」の保存が必要となる制度です。特に事業者の方にとっては、経理処理や税務申告に直接関わる重要な変更点となります。

インボイス制度の目的と開始時期

インボイス制度の主な目的は、複数税率（標準税率10%と軽減税率8%）に対応した消費税の仕入税額控除の適正化です。売手と買手の双方で正確な税率と税額を把握し、取引の透明性を高めることが期待されています。この制度は、2023年（令和5年）10月1日から施行されました。

適格請求書（インボイス）とは？

適格請求書（インボイス）とは、売手が買手に対して発行する請求書や領収書などで、以下の情報が記載されたものを指します。これにより、買手は仕入税額控除を受けるための証拠書類として利用できます。

記載が必要な主な項目	内容の例
発行事業者の氏名または名称および登録番号	株式会社〇〇 / T1234567890123
取引年月日	2024年3月15日
取引内容（軽減税率の対象品目である旨）	商品A（※）、定期券代など
税率ごとに区分して合計した対価の額（税抜または税込）および適用税率	10%対象 11,000円 / 8%対象 8,640円
税率ごとに区分した消費税額等	10%消費税額 1,000円 / 8%消費税額 640円
書類の交付を受ける事業者の氏名または名称	株式会社△△

（注記：上記は主な項目であり、業種や取引形態によって記載事項が異なる場合があります。）

インボイス制度の影響を受ける事業者

インボイス制度は、主に消費税の課税事業者に影響があります。課税事業者が仕入税額控除を受けるためには、原則として適格請求書発行事業者から交付されたインボイスの保存が必要です。一方で、免税事業者はインボイスを発行できません。そのため、免税事業者からの仕入れについては、課税事業者は原則として仕入税額控除を受けられなくなるという影響が生じます。これにより、取引先の選定や価格交渉などにも影響が及ぶ可能性があります。

定期券購入とインボイス制度の関連性

通勤や通学で利用される定期券の購入も、インボイス制度と深く関わっています。特に企業が従業員の通勤手当として定期券代を支給する場合、その経費処理や消費税の仕入税額控除において、インボイス制度への対応が求められます。

なぜ定期券購入にインボイスが関係するのか？

企業（課税事業者）が従業員に支給する通勤手当（定期券代）は、法人税法上は損金として扱われ、消費税法上は課税仕入れに該当します。この課税仕入れについて仕入税額控除を受けるためには、原則としてインボイスの保存が必要となるためです。つまり、会社が支払った定期券代に含まれる消費税額を、納付すべき消費税額から差し引く（仕入税額控除する）ためには、インボイスが必要になる、というのが基本的な考え方です。

公共交通機関の特例について

ただし、鉄道会社やバス会社などの公共交通機関が提供する旅客運送サービスについては、一定の条件下でインボイスの保存がなくても仕入税額控除が認められる「公共交通機関特例」という制度があります。この特例は、不特定多数の利用者にサービスを提供するという公共交通機関の特性を考慮したものです。しかし、この特例が適用されるのは3万円未満の取引に限られるなど、条件があります。3万円以上の定期券については、この特例の対象外となるため、原則通りのインボイス対応が求められる点に注意が必要です。この特例の詳細や3万円以上の定期券の具体的な取り扱いについては、後の章で詳しく解説します。

会社が従業員の定期券代を負担する場合の基本的な流れ

会社が従業員の通勤定期券代を負担する場合、インボイス制度導入後の一般的な処理の流れは以下のようになります。

ステップ	対応内容	インボイス制度におけるポイント
1. 従業員による定期券購入	従業員が鉄道会社やバス会社から定期券を購入します。	購入先が適格請求書発行事業者であるか確認（通常、大手交通機関は対応済み）。
2. 会社への経費申請	従業員は購入した定期券の領収書等を会社に提出し、経費精算を申請します。	提出される領収書等がインボイスの要件を満たしているか、または特例適用のための情報が含まれているか確認。
3. 会社による経費精算・支払い	会社は申請内容を確認し、従業員に定期券代を支払います（給与と合わせて支給する場合などもあります）。	-
4. 会計処理とインボイス（または帳簿）保存	会社は経費として会計処理を行い、仕入税額控除を受けるために必要なインボイスを保存します。特例が適用される場合は、帳簿への記載要件を満たして保存します。	適切な証拠書類を法令に則って保存することが重要です。

このように、定期券の購入とそれに伴う経費精算においても、インボイス制度への適切な理解と対応が不可欠となります。

3万円以上の定期券購入におけるインボイス対応のポイント！

この章では、特に注意が必要となる3万円以上の定期券購入時のインボイス対応について、重要なポイントを解説します。仕入税額控除を適切に受けるための知識を身につけましょう。

なぜ3万円以上の定期券でインボイス対応が特に重要なのか

インボイス制度（適格請求書等保存方式）においては、原則として適格請求書（インボイス）の保存が仕入税額控除を受けるための要件となります。消費税法上、税込3万円未満の取引については「少額特例」が設けられており、一定の条件を満たす事業者はインボイスの保存がなくとも帳簿への記載のみで仕入税額控除が認められます。しかし、3万円以上の取引はこの少額特例の対象外となるため、定期券の金額が3万円以上の場合、インボイスの有無が仕入税額控除の可否、ひいては納税額に直接影響を与える可能性が高まります。

したがって、3万円以上の定期券代を会社の経費として処理し、消費税の仕入税額控除を受けようとする場合、原則として鉄道会社やバス会社などの公共交通機関からインボイスとして認められる要件を満たした領収書や利用明細書等を入手し、適切に保存する必要があります。この対応を怠ると、支払った消費税額の控除が認められず、結果的に会社の税負担が増加してしまうリスクがあるため、特に注意が必要です。

3万円以上の定期券でもインボイス不要！公共交通機関特例の条件

インボイス制度には、特定の取引についてインボイスの保存がなくとも、帳簿への一定事項の記載のみで仕入税額控除が認められる特例がいくつか設けられています。公共交通機関が提供する旅客運送サービスに関連する特例も存在しますが、その適用条件を正しく理解することが重要です。

まず、「公共交通機関特例」と呼ばれるものは、3万円未満の公共交通機関（鉄道、バス、船舶など）による旅客の運送サービスが対象です。この場合、利用者はインボイスの保存なしに、帳簿への必要事項の記載だけで仕入税額控除を受けることができます。

しかし、本題である3万円以上の定期券については、この「公共交通機関特例」（3万円未満対象）は直接適用されません。では、3万円以上の定期券は必ずインボイスが必要なのでしょうか。実は、従業員に支給する通勤手当（定期券代を含む）に関しては、金額の多寡にかかわらずインボイスの保存が不要となる別の特例（帳簿のみの保存で仕入税額控除が認められる取引）が存在します。

具体的には、会社が従業員に対して、所得税法上非課税とされる範囲内の通勤手当（定期券の現物支給や金銭支給）として負担する場合、その金額が3万円以上であっても、以下の事項を記載した帳簿を保存していれば、インボイスの保存は不要で仕入税額控除が認められます。

記載項目	記載内容の例
課税仕入れの相手方の氏名又は名称	東日本旅客鉄道株式会社、東京都交通局など（定期券を発行した交通事業者名）
取引年月日	定期券の購入日、または従業員への支給日
取引内容	通勤手当（従業員氏名：〇〇〇〇、区間：東京駅～横浜駅）など
支払対価の額	定期券の購入金額（例：55,000円）
帳簿のみの保存で仕入税額控除が認められるいずれかの仕入れに該当する旨	「従業員等に支給する通常必要と認められる通勤手当等に係る課税仕入れ」や「通勤手当特例対象」など

この特例を活用することで、3万円以上の定期券であっても、従業員への通勤手当として会社が支給する場合には、インボイスの入手・保存に関する事務負担を大幅に軽減できます。ただし、この特例はあくまで従業員への通勤手当に関するものである点に注意が必要です。例えば、会社が事業遂行のために直接業務で使用する目的で定期券（特定の従業員に紐づかない回数券的な利用を想定した定期券など、通勤手当に該当しないもの）を購入する場合には、この特例は適用されず、原則通りインボイスの保存が必要となります。

会社側が知っておくべき3万円以上の定期券インボイス対応

インボイス制度開始に伴い、会社が従業員の3万円以上の定期券購入に関して対応すべき事項は多岐にわたります。経費処理の透明性を高め、仕入税額控除を適切に受けるためには、社内ルール整備と正確な会計処理が不可欠です。ここでは、会社側が押さえておくべき重要なポイントを解説します。

従業員へのインボイス制度周知と定期券購入時の指示

インボイス制度、特に3万円以上の定期券購入における公共交通機関特例について、従業員への正確な情報伝達と理解促進が求められます。混乱を避け、スムーズな経費精算を実現するために、会社は以下の点を周知し、適切な指示を行う必要があります。

周知すべき主な内容

インボイス制度の基本的な仕組みと、通勤手当・旅費交通費としての定期券購入への影響。
3万円以上の定期券購入時における「公共交通機関特例」の存在と、その適用条件。
特例適用により、適格請求書（インボイス）の保存が不要であること。
ただし、帳簿への一定事項の記載が必要であること。
会社が定める経費精算ルール（申請方法、提出書類など）。

購入時の具体的な指示例

定期券購入後、利用区間、利用期間、金額、鉄道会社名（例：JR東日本、東京メトロなど）が確認できる書類（領収書、利用明細など）を必ず会社に提出すること。
立替払いの場合の精算手続きについて。
万が一、必要な情報が記載された書類を紛失した場合の対応手順。

3万円以上の定期券における会計処理と仕入税額控除

3万円以上の定期券代を経費として処理し、仕入税額控除を受けるためには、インボイス制度のルールに則った会計処理が必要です。公共交通機関特例の適用を受ける場合、適格請求書の保存は不要ですが、帳簿への正確な記載が控除の条件となります。

仕入税額控除を受けるための帳簿記載のポイント

帳簿には、特例の適用を受ける課税仕入れである旨（例：「3万円未満の公共交通機関による旅客の運送特例」または「入場券等が使用の際に回収される特例」に該当する旨など）を明記します。
仕訳時には、勘定科目を「旅費交通費」や「通勤手当」など、会社の規定に沿って適切に設定します。
消費税の区分を正しく処理し、仕入税額控除の対象であることを明確にします。

これらの記載により、税務調査時にもスムーズに対応でき、追徴課税のリスクを低減できます。

3万円以上の定期券に必要な記載事項と保存ルール

3万円以上の定期券について公共交通機関特例を適用し仕入税額控除を受ける場合、適格請求書の保存義務はありませんが、代わりに帳簿へ以下の事項を記載し、その帳簿を保存する必要があります。これにより、税務上の要件を満たすことができます。

帳簿への記載事項（公共交通機関特例適用時）

記載項目	記載内容の例
課税仕入れの相手方の氏名又は名称	○○株式会社（鉄道会社名、バス会社名など）
取引年月日	定期券の購入日（例：2023年10月1日）
取引内容（軽減税率の対象である旨）	定期券代（利用区間：例新宿～東京）、公共交通機関特例対象
支払対価の額	購入した定期券の金額（例：50,000円）
特例適用の旨	公共交通機関特例（3万円以上）

帳簿の保存について

上記の記載事項が含まれる帳簿は、その事業年度の確定申告書の提出期限の翌日から原則として7年間保存する必要があります。また、電子帳簿保存法の要件を満たせば、電子データでの保存も可能です。社内の規定に基づき、適切に管理・保存してください。

3万円未満の定期券のインボイス対応はどうなる？対応のポイント

インボイス制度が導入され、経費精算における対応も変化しています。特に毎日の通勤に関わる定期券の取り扱いは、多くの企業や従業員にとって関心の高い事項でしょう。この章では、3万円未満の定期券購入におけるインボイス対応のポイントを解説します。

3万円未満の定期券のインボイス対応は必要？

結論から申し上げますと、3万円未満の公共交通機関（電車、バスなど）を利用するための定期券購入については、インボイス（適格請求書）の保存は原則として不要です。これは「公共交通機関特例」と呼ばれる制度によるものです。

インボイス制度では、仕入税額控除を受けるために適格請求書の保存が原則として必要となります。しかし、鉄道会社やバス会社などが発行する3万円未満の旅客運送サービスについては、不特定多数の利用者に都度インボイスを発行することが現実的ではないため、この特例が設けられています。

この特例の適用を受けるためには、インボイスの保存は不要ですが、以下の事項を記載した帳簿の保存が必要となります。

取引の相手方の氏名または名称（例：東日本旅客鉄道株式会社、東京都交通局など）
取引年月日
取引の内容（「旅客運送費」など）
支払対価の額
帳簿のみの保存で仕入税額控除が認められるいずれかの仕入れに係るものである旨（例：「3万円未満の鉄道料金」「公共交通機関特例対象」など）

つまり、従業員が3万円未満の定期券を購入した場合、会社はその従業員に対してインボイスの提出を求める必要はなく、上記の帳簿記載と保存をもって仕入税額控除の適用を受けることができます。

3万円未満の定期券でよくある誤解とトラブル例

3万円未満の定期券に関するインボイス対応は特例により簡素化されていますが、それでもいくつかの誤解やトラブルが発生する可能性があります。事前にこれらを把握し、適切な対応を心がけましょう。

よくある誤解①

「3万円未満なら、インボイスも帳簿への記載も一切不要で、今まで通りで良い」

→このような認識は誤りです。インボイス制度において、3万円未満の取引については「公共交通機関特例」などによりインボイスの保存が不要とされる場合がありますが、仕入税額控除を受けるためには、帳簿への適切な記載と保存が必須です。

また、会社ごとに経費精算に関する独自のルールが設けられているケースも多く、購入時の領収書や利用明細（例：クレジットカードの明細等）の提出を求める運用がなされている場合もあります。したがって、制度上の要件だけでなく、社内規定を事前に確認することが重要です。

よくある誤解②

「交通系ICカードへのチャージも、3万円未満なら同様にインボイス不要で処理できる」

→この点も正確に理解しておく必要があります。交通系ICカードへのチャージ（例：SuicaやPASMOへの入金）は、チャージ時点では役務の提供が確定していないため、原則としてインボイスの交付義務はありません。

実際に旅客サービスを利用した際に、その利用が公共交通機関特例などの対象となるかどうかが判断されます。定期券の購入とは異なり、チャージは前払いの金銭預託に近いため、取引の性質が異なる点に注意が必要です。

よくあるトラブル例

トラブル例	原因と対策
経理担当者が公共交通機関特例の内容を十分に理解しておらず、3万円未満の定期券についても従業員にインボイスの提出を要求してしまう。	原因：社内におけるインボイス制度、特に公共交通機関特例に関する情報共有や研修の不足。対策：経理部門だけでなく、関連する従業員（特に経費精算を行う従業員）に対しても、制度の概要や社内運用ルールを周知徹底することが求められます。特に特例については誤解が生じやすいため、具体的なケースを交えて説明すると効果的です。
従業員が「念のため」と考え、3万円未満の定期券購入時に鉄道会社やバス会社の窓口でインボイスの発行を依頼し、窓口担当者を困惑させてしまう、または発行に時間がかかり業務に支障が出る。	原因：従業員の制度に対する過度な不安や、会社からの指示が不明確であること。対策：会社として「3万円未満の定期券についてはインボイスの提出は不要である」という方針を明確に伝え、従業員が安心して経費精算を行えるようにすることが重要です。必要な書類（領収書、利用明細など）を具体的に指示しましょう。
「3万円未満」の判定基準を誤る（例：消費税込みか税抜きか、手数料を含めるかなど）。	原因：金額の判定基準に関する認識の曖昧さ。対策：公共交通機関特例における「3万円未満」とは、1回の取引の税込価額を指します。この基準を社内で統一し、周知することが重要です。

これらの誤解やトラブルを未然に防ぐためには、会社全体でインボイス制度、特に公共交通機関特例に関する正確な知識を共有し、従業員が迷うことなく対応できるような体制を整えることが肝心です。

Q&A｜3万円以上の定期券のインボイス対応に関するよくある質問

3万円以上の定期券購入におけるインボイス制度への対応について、多く寄せられる質問とその回答をまとめました。経費精算や税務処理の参考にしてください。

インボイス未対応の場合に考えられる影響は？

インボイス制度（適格請求書等保存方式）に適切に対応せず、3万円以上の定期券について適格請求書の保存がない場合、原則として買手側（会社）はその購入にかかる消費税額について仕入税額控除を受けることができません。これにより、会社の消費税納税額が増加する可能性があります。

特に、公共交通機関特例の対象とならないケースや、特例の要件を満たせない場合には、適格請求書の有無が重要になります。ただし、制度開始から一定期間は経過措置が設けられており、免税事業者からの仕入れについても一定割合の控除が認められる場合があります。

会社立替で3万円以上の定期券を購入した場合のインボイスは？

従業員が3万円以上の定期券を立て替えて購入した場合、会社が仕入税額控除を受けるためには、原則として会社名義の適格請求書が必要です。

しかし、その定期券が「公共交通機関特例」（3万円以上の旅客運送）の対象となる場合は、適格請求書の保存は不要です。この特例が適用される場合は、帳簿への一定事項の記載と保存（利用した交通機関名、区間、金額、日付など）をもって仕入税額控除が認められます。従業員が作成する立替金精算書にこれらの情報を記載し、会社がそれを保存することで対応可能です。

どちらの対応になるかは、その定期券が公共交通機関特例の条件を満たすかどうかで判断します。