インボイスで簡易課税を選ぶべき？2割特例終了後の判断基準と届出期限

2割特例は、令和8年9月30日を含む課税期間で終了します。その次の申告からどの計算方法を使うのか、いま決めておく必要があります。

本記事では、簡易課税と一般課税のどちらが有利かを自社の数字で判断する手順、令和8年度税制改正で弾力化された届出期限、個人事業者だけが使える3割特例との関係を整理します。

結論｜実際の仕入率がみなし仕入率を下回るなら簡易課税が有利

簡易課税を選ぶべきかどうかは、次の1行で判断できます。

簡易課税は、売上にかかる消費税額に業種ごとのみなし仕入率を掛けた金額を、仕入税額控除とみなす制度です。実際にいくら仕入れたかは納税額に影響しません。そのため、実際の仕入れが少ない事業ほど納税額が下がります。

また、2割特例を使ってきた事業者は、終了後に選べる方式が立場によって異なります。

2割特例は令和8年9月30日を含む課税期間で終了する

まず、いつまで2割特例が使えるのかを確認します。

終了時期は決算月によって異なる

2割特例が使えるのは、令和8年9月30日を含む課税期間までです。個人事業者は令和8年分（令和9年3月申告分）が最後になります。法人は決算月によって最終期が変わります。

個人事業者は3割特例へ移行する

令和8年度税制改正により、個人事業者に限り、納付税額を売上税額の3割とする3割特例が設けられました。

法人には3割特例の受け皿がない

法人には3割特例に相当する制度がありません。2割特例の最終課税期間が終わった時点で、簡易課税か一般課税かを選ぶことになります。みなし仕入率が高い業種であれば、簡易課税で納税額を抑えられる可能性があります。

簡易課税制度の基本｜みなし仕入率で仕入税額控除を計算する

簡易課税制度は、中小事業者の納税事務負担に配慮して設けられた制度です。実際の課税仕入れを集計せず、売上にかかる消費税額にみなし仕入率を掛けて仕入税額控除を計算します。

対象は基準期間の課税売上高が5,000万円以下の事業者

簡易課税制度を適用できるのは、基準期間（個人事業者は前々年、法人は原則として前々事業年度）における課税売上高が5,000万円以下の課税期間です。届出書を提出していても、基準期間の課税売上高が5,000万円を超える課税期間には適用できません。

なお、基準期間が免税事業者であった場合、その課税売上高は税込で判定します。

参照：国税庁「No.6505 簡易課税制度」

事業区分とみなし仕入率

みなし仕入率は事業区分ごとに定められています。

事業区分の判定は、原則として課税資産の譲渡等ごとに行います。2種類以上の事業を営んでいて課税売上げを事業ごとに区分していない場合、その区分していない部分には、区分していない事業のうち最も低いみなし仕入率が適用されます。

国外事業者は恒久的施設がないと適用できない

令和6年10月1日以後に開始する課税期間から、課税期間の初日に国内に恒久的施設（PE）を持たない国外事業者は、簡易課税制度を適用できません。令和6年9月30日までに届出書を提出していた場合も同様です。

簡易課税と一般課税、どちらが有利かを判断する手順

自社にとってどちらが有利かは、次の3つの手順で確認します。

手順1｜自社の事業区分を確認する

前掲の表で自社の事業区分とみなし仕入率を確認します。複数の事業を営んでいる場合は、事業ごとに課税売上高を区分します。

手順2｜実際の課税仕入率をみなし仕入率と比べる

課税売上高に対して課税仕入れがどのくらいの割合かを計算し、みなし仕入率と比べます。課税売上高1,100万円（税込）、第5種事業（みなし仕入率50％）の場合で試算すると、次のようになります。

課税仕入れはすべて標準税率10％で、インボイスの保存要件を満たすものとして計算しています。

参考として、同じ条件で2割特例・3割特例を使った場合の納税額は次のとおりです。

手順3｜設備投資と還付の予定を確認する

一般課税では、課税仕入れが課税売上を上回った課税期間に消費税の還付を受けられます。簡易課税では還付は生じません。店舗の改装や高額な設備の購入を予定している場合は、その課税期間だけ一般課税のほうが有利になることがあります。

【令和8年度改正】届出期限が弾力化された点に注意

簡易課税は届出が前提の制度です。令和8年度税制改正で、この届出期限の一部が緩和されました。

原則は課税期間の初日の前日まで

簡易課税制度の適用を受けようとする事業者は、その課税期間の初日の前日までに「消費税簡易課税制度選択届出書」を納税地の所轄税務署長に提出します。個人事業者であれば、翌年から適用したい場合は12月31日までの提出です。

2割特例・3割特例の直後の課税期間は確定申告期限まで提出できる

直後の課税期間の終了日が令和8年9月30日以前なら従来どおり

この取扱いは、直後の課税期間の終了日が令和8年9月30日以前である場合には適用されません。たとえば9月決算法人が令和7年9月期に2割特例を適用し、令和8年9月期から簡易課税を適用する場合、届出期限は令和8年9月30日までとなります。

届出期限の判定は課税期間の終了日によって分かれます。自社がどちらに当たるか迷う場合は、税理士または所轄税務署にご確認ください。

簡易課税を選ぶ前に確認したい3つの注意点

2年を経過する日の属する課税期間の初日以後でなければやめられない

「一度選ぶと2年間は戻せない」と説明されることがありますが、正確には次のとおりです。事業を廃止した場合を除き、簡易課税制度選択届出書の効力が生ずる課税期間の初日から2年を経過する日の属する課税期間の初日以後でなければ、「消費税簡易課税制度選択不適用届出書」を提出できません。

課税期間の区切り方によっては、実質的に2年を超えて拘束されることがあります。届出前に、その先の事業計画まで含めて確認してください。

赤字や設備投資の年でも還付は受けられない

簡易課税では、実際の課税仕入れがいくらであっても、仕入税額控除はみなし仕入率で計算します。課税仕入れが課税売上を上回った課税期間でも還付は生じません。事業を始めたばかりで初期投資が大きい時期は、一般課税のほうが有利になることがあります。

複数の事業を営む場合は区分管理が必要

2種類以上の事業を営む場合、事業ごとに課税売上高を区分して計算します。事務負担の軽減が目的の制度でありながら、かえって管理が煩雑になることがあります。

ただし、次の特例があります。

免税事業者からの仕入れがある場合は控除率の変更も確認する

一般課税を選ぶ場合、免税事業者などインボイスを発行できない相手からの課税仕入れについては、経過措置による控除割合が令和8年10月から段階的に下がります。

あわせて、令和8年10月1日以後に開始する課税期間から、1つの免税事業者ごとの年間の適用上限額が10億円から1億円に引き下げられます。

よくある質問

インボイス制度で簡易課税制度は廃止されますか

廃止されません。簡易課税制度はインボイス制度の施行前からある消費税の計算方法で、インボイス制度に紐づいた経過措置ではありません。現時点で廃止の予定も設けられていません。

2割特例と簡易課税はどちらが得ですか

業種によって変わります。簡易課税の納税額は「売上税額×（1−みなし仕入率）」、2割特例は「売上税額×20％」です。

2割特例が使える期間中は、第1種事業を除けば2割特例のほうが納税額を抑えられます。ただし2割特例は令和8年9月30日を含む課税期間で終了するため、その後の方式は別途判断が必要です。

簡易課税を選んでもインボイスの発行は必要ですか

適格請求書発行事業者として登録している場合、課税事業者である取引先から求められればインボイスを交付する義務があります。簡易課税を選択しているかどうかは関係ありません。交付したインボイスの写しの保存も必要です。

受け取った請求書がインボイスでなくても問題ありませんか

簡易課税では仕入税額控除をみなし仕入率で計算するため、受け取った請求書がインボイスかどうかは仕入税額控除に影響しません。ただし、法人税や所得税の計算上、取引の証憑として請求書等の保存は必要です。

まとめ

2割特例は令和8年9月30日を含む課税期間で終了します。個人事業者は令和9年分・令和10年分について3割特例へ移行できますが、法人には受け皿がなく、簡易課税か一般課税かの判断が必要です。

簡易課税を選ぶかどうかは、実際の課税仕入率とみなし仕入率の比較で決まります。設備投資の予定がある場合は還付の有無も含めて検討してください。

届出期限は、2割特例・3割特例の直後の課税期間であれば確定申告期限まで延びます。申告の時点で試算してから決められるため、まずは自社の事業区分と仕入率を確認するところから始めましょう。

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