薬局もインボイス登録が必要！その理由や調剤薬局の対応方法もわかりやすく解説

薬局を経営されている皆さまへ。インボイス制度が始まり、「うちも登録が必要なのか？」「何を準備すればよいのか？」と迷われていませんか？この記事を読めば、薬局がインボイス登録をすべきか判断するポイント、登録のメリット・デメリット、調剤薬局やOTC医薬品販売時の具体的な対応方法まで全て分かります。多くの薬局でインボイス登録が求められる理由と、円滑な制度対応の秘訣を掴みましょう。

インボイス制度とは？薬局に関わる基本を解説

2023年10月1日から開始されたインボイス制度は、多くの事業者にとって対応が求められる新しい方式です。薬局も例外ではなく、日々の業務や経営に影響を受ける可能性があります。この章では、インボイス制度の基本的な仕組みと、なぜ今、薬局業界で注目されているのかを分かりやすく解説します。

インボイス制度の概要と目的

インボイス制度とは、複数税率に対応した消費税の仕入税額控除の方式です。売手が買手に対して、正確な適用税率や消費税額等を伝えるために「適格請求書（インボイス）」を交付し、双方がこれを保存することで、買手は消費税の仕入税額控除を受けることができるようになります。

制度の主な目的は以下の通りです。

• 消費税の仕入税額控除の適正化
• 複数税率（8%と10%）に対応した経理処理の明確化

適格請求書には、従来の請求書に加えて以下の項目を記載する必要があります。

記載項目	内容
適格請求書発行事業者の登録番号	税務署から通知されるTから始まる13桁の番号
適用税率	取引に適用される消費税率（8%または10%）
税率ごとに区分した消費税額等	税率ごとに区分して合計した消費税額

これにより、取引における消費税額がより明確になり、不正や誤りを防ぐことが期待されています。

なぜ今、薬局でインボイス制度が注目されるのか

薬局業界でインボイス制度が注目される背景には、いくつかの理由があります。

まず、薬局の取引には、医薬品卸や医療材料メーカーからの仕入れ、患者さんへの医薬品販売（調剤報酬やOTC医薬品販売）など、様々なものがあります。これらの取引において、インボイスの授受が正確に行われない場合、仕入税額控除が受けられなくなり、結果として薬局の税負担が増加する可能性があります。

また、調剤報酬については原則としてインボイスの交付義務が免除されるケースがありますが、OTC医薬品や衛生材料などの販売については、買手である患者さんや企業からインボイスの発行を求められる場面が想定されます。このように、薬局の業務内容によって対応が異なるため、制度への理解と準備が不可欠となっています。

薬局はインボイス登録が必要？判断のポイント

2023年10月1日から開始されたインボイス制度（適格請求書等保存方式）は、多くの薬局経営者様にとって重要な関心事となっています。インボイス登録を行うべきか否かは、薬局の現在の事業形態や取引先の状況によって判断が異なります。この章では、薬局がインボイス登録を検討する際の判断ポイントを具体的に解説します。

免税事業者の薬局におけるインボイス登録

現在、消費税の納税義務が免除されている免税事業者の薬局（原則として、基準期間の課税売上高が1,000万円以下の事業者）の場合、インボイス登録は任意です。しかし、取引先が課税事業者であり、仕入税額控除を受けるためにインボイス（適格請求書）の発行を求めてくる可能性があります。この場合、インボイスを発行できなければ、取引の継続が難しくなったり、価格交渉の対象となったりするリスクが考えられます。

免税事業者の薬局がインボイス登録を行うと、「適格請求書発行事業者」となり、消費税の課税事業者として申告・納税の義務が生じます。インボイス発行の必要性と、それに伴う事務負担や納税負担の増加を比較検討し、慎重に判断する必要があります。

課税事業者の薬局におけるインボイス登録

既に消費税の課税事業者である薬局（原則として、基準期間の課税売上高が1,000万円を超える事業者）の場合、取引先（特に企業や他の課税事業者）に対してインボイスの発行を求められることが一般的です。そのため、課税事業者の薬局は、原則としてインボイス登録を行うことが推奨されます。

もし課税事業者の薬局がインボイス登録をせず、適格請求書を発行できない場合、取引先はその取引にかかる消費税額について仕入税額控除を受けられなくなります。これにより、取引先にとっては実質的なコスト増となり、取引関係の見直しや縮小につながる可能性があります。安定した薬局経営のためにも、インボイス登録は重要な選択となります。

インボイス登録のメリット デメリットを薬局視点で解説

薬局がインボイス登録を行うことには、メリットとデメリットが存在します。これらを総合的に比較し、自局にとって最適な判断を下すことが重要です。

区分	メリット	デメリット
取引関係	課税事業者である取引先（卸売業者、企業など）との取引を継続・新規開拓しやすくなる。 競争力の維持・向上につながる可能性がある。	免税事業者の場合、新たに消費税の申告・納税義務が発生する。 インボイス未登録の免税事業者からの仕入れについて、仕入税額控除の扱いが変わる（経過措置あり）。
事務負担	インボイス制度に対応した会計処理を行うことで、経理の透明性が向上する場合がある。	適格請求書の発行・保存、帳簿への記載など、経理事務の負担が増加する。 インボイス対応のためのレセコンや会計システムの改修・導入コストが発生する場合がある。 登録番号の管理など、新たな管理業務が生じる。
その他	適格請求書発行事業者として公表されるため、一定の信頼性が得られる可能性がある。	免税事業者が課税事業者になった場合、消費税分の価格転嫁を検討する必要があるが、患者負担に影響する可能性も考慮が必要（ただし、調剤報酬や薬価は公定価格）。

特に免税事業者の薬局にとっては、インボイス登録によって課税事業者へ転換することの影響は大きいため、税理士などの専門家にも相談しながら、慎重に検討を進めることをお勧めします。

インボイス登録しない場合の薬局への影響！

インボイス制度への登録は任意ですが、登録しないことを選択した場合、薬局の運営に様々な影響が生じる可能性があります。ここでは、主に取引先との関係、薬局経営、そして患者さんへの影響について具体的に解説します。

取引先との関係と薬局経営への影響

薬局がインボイス（適格請求書）発行事業者として登録しない場合、特に課税事業者である取引先との関係において影響が出る可能性があります。

医薬品卸売業者や医療機器メーカーなどの仕入先が課税事業者である場合、薬局がインボイスを発行できないと、これらの取引先は仕入税額控除を十分に受けられなくなることがあります。その結果、取引先から値下げを要求されたり、契約条件の見直しを求められたりする可能性が考えられます。最悪の場合、インボイスを発行できる他の薬局との取引を優先され、既存の取引が縮小したり、新規の取引が難しくなったりするリスクも否定できません。

これにより、薬局の仕入れコストが増加したり、収益性が悪化したりするなど、経営面に直接的な影響が及ぶことが懸念されます。特に、企業や団体向けの医薬品供給など、事業者間取引が多い薬局にとっては、より慎重な判断が求められます。競争力の維持という観点からも、インボイス登録の要否は重要な経営判断となります。

患者さんへの影響はあるのか

インボイス制度は主に事業者間の取引に関する制度であるため、一般の患者さんが薬局を利用する際に直接的な影響を受けることは基本的にありません。調剤報酬や薬価は国が定める公定価格であり、インボイス制度によって患者さんの窓口負担額が変動することはありません。

ただし、薬局がインボイス未登録であることにより経営状況が悪化し、結果として地域医療への貢献やサービスの質に間接的な影響が及ぶ可能性はゼロではありません。例えば、品揃えの縮小や、きめ細やかな服薬指導へのリソース不足などが考えられます。また、患者さんが個人事業主などで、薬局で購入したOTC医薬品や衛生材料などを経費として計上する際にインボイスを必要とするケースも考えられますが、これは限定的でしょう。

基本的には、患者さん個人への影響は軽微であると考えて良いでしょう。しかし、薬局側としては、制度への対応が経営の安定につながり、ひいては質の高い医療サービスの継続提供に繋がるという視点も重要です。

薬局の仕入れとインボイス制度の関係とは？

インボイス制度は、薬局の日常的な仕入れ業務にも大きな影響を与えます。特に医薬品や医療材料などの仕入れは、薬局経営の根幹をなすため、制度への正確な理解と対応が不可欠です。この章では、薬局の仕入れとインボイス制度がどのように関わるのか、具体的なポイントを解説します。

インボイスが必要な仕入れと対象外の取引を見分けるコツ

薬局が仕入れを行う際、その取引がインボイス制度の対象となるか否かを見極めることが重要になります。仕入税額控除を適切に受けるためには、インボイス（適格請求書）の受領と保存が原則として必要となるためです。

薬局における主な仕入れには、以下のようなものがあります。

• 医薬品（処方箋医薬品、一般用医薬品）
• 医療材料（ガーゼ、包帯、衛生用品など）
• 調剤器具・備品
• 事務用品
• 店舗の賃料や光熱費（課税取引の場合）

これらの仕入れのうち、課税事業者である仕入先から課税取引として購入する場合には、原則としてインボイスの受領が必要となります。一方で、以下のような取引はインボイスの対象外となる場合があります。

取引のケース	インボイスの要否	備考
課税事業者からの医薬品・医療材料等の仕入れ	必要	仕入税額控除の適用を受けるため。
免税事業者からの仕入れ	不要（発行されない）	仕入先がインボイスを発行できないため。仕入税額控除は原則不可（経過措置あり）。
従業員への給与・賃金の支払い	不要	不課税取引のため。
社会保険料の支払い	不要	非課税取引のため。
3万円未満の公共交通機関による旅費交通費	不要（特例あり）	帳簿への記載のみで仕入税額控除が認められる場合があります。
3万円未満の自動販売機での購入	不要（特例あり）	帳簿への記載のみで仕入税額控除が認められる場合があります。薬局の主要な仕入れではありませんが、経費として発生する可能性があります。

見分けるコツとしては、まず取引先が適格請求書発行事業者であるかを確認することです。適格請求書発行事業者には登録番号が付与されており、請求書に記載されています。また、受け取った請求書がインボイスの記載要件（登録番号、適用税率、税率ごとの消費税額など）を満たしているかを確認することも重要です。

仕入税額控除を受けるために必要な請求書の管理方法

インボイス制度において、仕入税額控除を受けるためには、原則として適格請求書（インボイス）の保存が必要です。薬局が日々の仕入れで受け取る請求書について、適切な管理体制を構築することが求められます。

適格請求書には、以下の事項が記載されている必要があります。

• 発行事業者の氏名または名称および登録番号
• 取引年月日
• 取引内容（軽減税率の対象品目である旨も記載）
• 税率ごとに区分して合計した対価の額（税抜または税込）および適用税率
• 税率ごとに区分した消費税額等
• 書類の交付を受ける事業者の氏名または名称

これらの記載事項が漏れなく記載されているかを確認し、不備がある場合は仕入先に修正を依頼する必要があります。

請求書の管理方法としては、以下の点がポイントとなります。

1. 保存期間の遵守：受領したインボイスは、原則としてその課税期間の末日の翌日から2ヶ月を経過した日から7年間保存する必要があります。
2. 保存方法の確立：紙で受領したインボイスは紙のままファイリングする、あるいはスキャナ保存制度の要件を満たして電子データとして保存します。電子インボイスとして受領した場合は、電子帳簿保存法の要件に従い電子データのまま保存する必要があります。
3. 検索性の確保：日付、取引先、金額などで必要な情報を速やかに検索できるよう、整理・分類して保存することが望ましいです。会計ソフトや文書管理システムを活用することも有効です。
4. 会計処理との連携：会計ソフトがインボイス制度に対応しているかを確認し、仕訳入力時には適格請求書に基づく仕入れであるか否かを区別して処理します。特に、免税事業者からの仕入れについては経過措置期間中の控除割合に応じた処理が必要です。

仕入税額控除を正確に行うためには、これらの管理方法を徹底し、制度開始後の税務調査などにも適切に対応できる体制を整えておくことが重要です。不明な点があれば、税理士などの専門家に相談することも検討しましょう。

調剤薬局におけるインボイス制度への対応方法！

インボイス制度開始に伴い、調剤薬局でも様々な対応が求められます。特に、課税売上が発生するOTC医薬品の販売や、事業者との取引においては、制度への正確な理解と準備が不可欠です。この章では、調剤薬局が具体的にどのような対応を進めるべきか、ポイントを絞って解説します。

インボイス制度で調剤薬局に求められる対応とは？

調剤薬局がインボイス制度に対応するためには、主に以下の準備が必要です。自局の状況に合わせて、計画的に進めましょう。

• 適格請求書発行事業者の登録申請: 課税事業者の薬局で、取引先からインボイスの発行を求められる可能性がある場合は、適格請求書発行事業者の登録を検討・実施します。登録を受けると登録番号が通知されます。
• 請求書・領収書フォーマットの見直し: インボイスの記載要件（登録番号、適用税率、税率ごとの消費税額など）を満たした請求書や領収書を発行できるように、様式を準備します。
• レセコン・POSレジシステムの確認と改修:
• 調剤報酬は原則として社会保険診療であり消費税は非課税ですが、美容目的のサプリメント販売や一部の自費検査キットなど、課税対象となる物品販売や役務提供がある場合は対応が必要です。
• OTC医薬品の販売は課税売上となるため、インボイス発行機能や複数税率に対応したレジシステムが必要となる場合があります。既存システムの改修や入れ替えを検討しましょう。
• 会計処理・経理体制の整備:
• 受け取ったインボイス（適格請求書）とそれ以外の請求書を区別し、仕入税額控除の計算を正確に行えるように経理処理方法を見直します。
• 発行したインボイスの写し、受け取ったインボイスを適切に保存する必要があります。電子帳簿保存法への対応も視野に入れましょう。
• 従業員への教育と情報共有: スタッフ全員がインボイス制度の基本を理解し、患者さんや取引先からの問い合わせに適切に対応できるよう、研修や情報共有の機会を設けます。
• 取引先との連携:
• 医薬品卸売業者などの仕入先が適格請求書発行事業者であるかを確認し、インボイスの受領方法について事前に取り決めを行います。
• 企業や団体など、事業者である患者さんや顧客に対して、インボイス発行の要否を確認することもあります。

OTC医薬品販売時のインボイス対応と軽減税率の扱い

調剤薬局におけるOTC医薬品（一般用医薬品）や関連商品の販売は、インボイス制度において特に注意が必要な業務です。軽減税率の対象品目も存在するため、正確な対応が求められます。

OTC医薬品販売とインボイス発行

OTC医薬品の販売は消費税の課税対象です。そのため、購入者（買手）が事業者であり、仕入税額控除を受けるためにインボイスを必要とする場合には、薬局は適格請求書発行事業者としてインボイスを発行する義務が生じます。一般の患者さん（消費者）への販売では通常インボイスを求められることは稀ですが、発行を求められた際には対応できるように準備しておくことが望ましいです。

軽減税率の適用とインボイスへの記載

OTC医薬品や薬局で販売される商品には、消費税率が異なるものが混在する可能性があります。

品目例	適用税率	インボイスへの記載
多くのOTC医薬品（例: 風邪薬、鎮痛剤）、医薬部外品（治療・予防目的のもの）、衛生材料（例: マスク、絆創膏）など	標準税率 (10%)	税率10%対象として記載
栄養ドリンク（医薬部外品だが「人の飲用又は食用に供されるもの」として販売されるもの）、健康食品、経口補水液など	軽減税率 (8%)	税率8%対象として記載（※印などで軽減税率対象品目であることを明示）

インボイスには、税率ごとに区分した対価の額および適用税率、そして税率ごとの消費税額等を記載する必要があります。複数の税率の商品を同時に販売した場合は、それぞれの税率に対応する金額と消費税額を明記します。

簡易インボイス（適格簡易請求書）の活用

調剤薬局は、不特定多数の者に対して販売を行う小売業に該当するため、OTC医薬品販売時に「簡易インボイス（適格簡易請求書）」を発行することができます。簡易インボイスは、通常のインボイスに比べて記載事項が簡略化されています。

簡易インボイスの主な記載事項は以下の通りです。

• 適格請求書発行事業者の登録番号
• 課税資産の譲渡等を行った年月日
• 課税資産の譲渡等に係る資産又は役務の内容（軽減税率の対象品目である旨）
• 課税資産の譲渡等の税抜価額又は税込価額を税率ごとに区分して合計した金額
• 税率ごとに区分した消費税額等又は適用税率

通常のインボイスで必要な「書類の交付を受ける事業者の氏名又は名称」の記載は不要です。多くの薬局で使用されているレシートも、これらの要件を満たすように改修することで簡易インボイスとして利用可能です。POSレジシステムやレシート発行機のメーカーに確認し、対応を進めましょう。

Q&A｜薬局向けインボイス制度に関するよくある質問

インボイス制度の導入に伴い、薬局運営において様々な疑問が生じることが予想されます。ここでは、薬局の皆さまから特に多く寄せられるご質問とその回答をまとめました。日々の業務の参考としてご活用ください。

Q1. 薬局において、インボイス（適格請求書）の発行が免除される、または不要となる取引はありますか？

A1. はい、ございます。薬局業務に関連する取引の中には、インボイスの発行義務が免除されるケースや、そもそもインボイスが不要な取引が存在します。主なケースは以下の通りです。

調剤報酬について

患者様への保険調剤にかかる調剤報酬（薬剤料、調剤技術料など）は、社会保険医療の給付等に該当し、消費税法上「非課税取引」とされています。非課税取引については消費税が課税されませんので、インボイスの発行は不要です。患者様からインボイスを求められることも基本的にはありません。

インボイスの交付義務が免除される取引

消費税法では、特定の取引についてインボイスの交付義務が免除されています。薬局業務で関連しうるものとしては、以下のようなケースが考えられます。

• 3万円未満の公共交通機関（船舶、バスまたは鉄道）による旅客の運送（例：従業員の出張時の交通費など）
• 自動販売機・自動サービス機により行われる課税資産の譲渡等で3万円未満のもの（例：薬局内に設置された飲料の自動販売機からの収入。ただし、設置場所や契約形態によります。）
• 郵便切手類のみを対価とする郵便・貨物サービス（郵便ポストに差し出されたものに限る）

これらの取引では、一定の事項を記載した帳簿の保存のみで仕入税額控除が認められます。

Q2. 薬局では簡易インボイス（適格簡易請求書）を利用できますか？ その際の注意点は？

A2. はい、薬局は、不特定多数の者に対して販売等を行う「小売業」に該当するため、インボイスの記載事項を簡略化した「簡易インボイス（適格簡易請求書）」の発行が認められています。特に、軽減税率（8%）対象品目（飲食料品など、薬局では一部の健康食品や栄養ドリンクなどが該当する場合がある）と標準税率（10%）対象品目が混在する場合には、それぞれを区別して記載する必要があります。

まとめ

薬局にとってインボイス制度への対応は、今後の経営に大きく関わる重要な課題です。取引先との関係を保ち、仕入税額控除を適切に行うためにも、インボイス発行事業者としての登録をご検討される薬局様が増えています。登録の有無によっては経営に影響を及ぼす可能性もあるため、ご自身の薬局の実情に合わせて、請求書の管理やOTC医薬品の販売対応など、早めの準備を進めていただくことをおすすめいたします。