消費税とインボイス制度の関係は？仕組み・納税への影響と2026年10月以降の経過措置を解説

インボイス制度は、消費税の仕入税額控除を受けるために保存する請求書等のルールを定めた「適格請求書等保存方式」です。

2023年10月1日に始まり、本則課税（一般課税）で仕入税額控除を受ける場合は、原則として一定事項を記載した帳簿とインボイス（適格請求書）等の保存が必要になりました。

一方、「インボイス制度に登録すると新しい消費税が課される」「インボイスがなければ経費にできない」など、制度について誤解されやすい点もあります。

さらに、令和8年度税制改正では、免税事業者等からの仕入れに係る経過措置や、小規模な個人事業者向けの負担軽減措置が見直されました。

この記事では、消費税とインボイス制度の関係、消費税の計算方法、課税・免税事業者への影響、2割・3割特例、2026年10月以降の経過措置までわかりやすく解説します。

インボイス制度とは？消費税との関係を簡単に解説

インボイス制度とは、正式には「適格請求書等保存方式」といい、複数税率のもとで売手が買手に正確な適用税率や消費税額等を伝えるための制度です。

本則課税の事業者が仕入税額控除を受けるには、原則として一定事項を記載した帳簿と、適格請求書発行事業者から交付されたインボイス等を保存します。

インボイスを交付できるのは、税務署長の登録を受けた「適格請求書発行事業者」です。

そもそも消費税はどう計算する？

本則課税では、原則として売上げに係る消費税額から、仕入れや経費に係る消費税額を差し引いて納付税額を計算します。

この差し引く仕組みを「仕入税額控除」といいます。

この例では、売上税額1,000,000円から仕入税額600,000円を控除し、差額400,000円を納付します。

仕入税額控除そのものは、インボイス制度によって新設された仕組みではありません。

インボイス制度の開始によって、本則課税で仕入税額控除を受ける際に保存する請求書等が、原則として適格請求書等へ変わったことがポイントです。

インボイス制度で消費税はどう変わった？

①本則課税では原則としてインボイス等の保存が必要

本則課税で仕入税額控除を受ける場合、原則として一定事項を記載した帳簿と適格請求書等の保存が必要です。

ただし、インボイスを保存しなければ一切控除できないわけではありません。

税込1万円未満の課税仕入れに係る少額特例、公共交通機関特例、出張旅費等特例など、一定の条件を満たせば帳簿のみの保存で仕入税額控除できる例外があります。

②インボイスを発行するには登録が必要

適格請求書を交付できるのは、適格請求書発行事業者として登録を受けた事業者です。

すべての事業者に登録が義務付けられているわけではありません。

取引先からインボイスの交付を求められる場合や、今後課税事業者との取引を増やす場合などは、登録による税負担と取引への影響を比較して判断します。

③免税事業者が登録すると原則として消費税の申告・納税が必要

基準期間の課税売上高が1,000万円以下などの要件を満たす事業者は、原則として消費税の納税義務が免除される場合があります。

しかし、免税事業者が適格請求書発行事業者として登録すると、登録日以後は原則として課税事業者となり、消費税の申告・納付が必要です。

インボイス（適格請求書）に必要な6つの記載事項

インボイスには決まった様式があるわけではありません。

請求書・納品書・領収書など、書類の名称にかかわらず、所定の記載事項を満たしていれば適格請求書として利用できます。

支払期日、振込先、請求書番号、数量、単価などは実務上記載することが多い項目ですが、適格請求書の法定記載事項そのものではありません。

インボイス制度に登録したら消費税はいくら払う？

適格請求書発行事業者として登録した後の納付税額は、本則課税・簡易課税・2割特例・3割特例など、適用する計算方法によって異なります。

なお、簡易課税、2割特例、3割特例を利用する場合でも、法人税・所得税上の経費確認や取引管理のために請求書・領収書等を保存する必要性は別途あります。

2割特例とは？2026年9月30日までの日を含む課税期間が対象

2割特例は、インボイス制度を機に免税事業者から適格請求書発行事業者となり、課税事業者になった一定の事業者を対象とする負担軽減措置です。

仕入控除税額を売上税額の80％相当額とみなすことで、納付税額を売上税額の20％とします。

2割特例の対象期間は、2023年10月1日から2026年9月30日までの日の属する各課税期間です。

したがって、「2026年9月30日にすべての事業者について終了する」のではなく、自社の課税期間に2026年9月30日が含まれているかで最終適用期を判断します。

個人事業者は2027年・2028年に3割特例を使える場合がある

令和8年度税制改正では、インボイス制度を機に免税事業者から適格請求書発行事業者となった一定の個人事業者を対象として、3割特例が設けられました。

2027年分・2028年分について、納付税額を売上税額の30％とすることができます。

業種によっては簡易課税制度を利用した方が納付税額を抑えられることもあります。

3割特例の対象だから自動的に選択するのではなく、利用可能な計算方法を比較して判断しましょう。

免税事業者等からの仕入れは2026年10月から70％控除へ

適格請求書発行事業者ではない免税事業者や消費者等から課税仕入れを行った場合、原則として適格請求書を受け取れないため、適格請求書による全額の仕入税額控除はできません。

ただし、制度開始後の急激な負担増を避けるため、一定割合を仕入税額として控除できる経過措置があります。

従来は2026年10月から50％へ下がり、2029年10月以降は経過措置が終了する予定でした。

しかし、令和8年度税制改正によって適用期限が延長され、70％→50％→30％と段階的に縮小する制度へ見直されています。

経過措置を利用する場合は、区分記載請求書等と同様の事項が記載された請求書等の保存と、経過措置の適用対象である旨を記載した帳簿の保存が必要です。

課税事業者と免税事業者への影響を整理

「インボイスがない＝経費にできない」ではない

インボイスの有無は、主に消費税の仕入税額控除に関する問題です。

法人税で損金に算入できるか、所得税で必要経費に算入できるかとは、別のルールで判断します。

そのため、インボイスがない支出だからという理由だけで、法人税・所得税上の経費として一切認められなくなるわけではありません。

2026年10月までに確認したい3つの実務ポイント

①免税事業者等との取引の控除割合を70％へ更新する

会計ソフトや経費精算システムで、インボイス未登録事業者等からの課税仕入れに利用する税区分・控除割合が2026年10月1日から70％へ切り替わるかを確認しましょう。

旧制度を前提とした「2026年10月から50％」という設定や社内マニュアルが残っている場合は更新が必要です。

また、2026年10月1日以後に開始する課税期間については、同一の未登録事業者等からの仕入れに係る1億円の控除限度額にも注意してください。

②2割特例の後に使う計算方法を検討する

2割特例の対象期間が終了する事業者は、次の課税期間でどの計算方法を利用するか確認します。

簡易課税には原則として届出が必要です。

ただし、2割特例・3割特例を適用した課税期間の翌課税期間については、その翌課税期間の確定申告期限までに簡易課税制度選択届出書を提出することで、その課税期間から簡易課税を適用できる特例があります。

③取引先の登録番号と請求書フォーマットを再確認する

取引先から受領する請求書について、登録番号が現在も有効か、適用税率や税率ごとの消費税額等が正しく記載されているか確認します。

自社が適格請求書を交付する側の場合も、請求書システムやテンプレートから必要事項が正しく出力されているかを確認しましょう。

Q&A｜消費税とインボイス制度のよくある質問

インボイス制度に登録しないと違法ですか？

いいえ。

適格請求書発行事業者への登録は、すべての事業者に一律で義務付けられているわけではありません。

ただし、未登録の事業者は適格請求書を交付できません。本則課税の取引先との取引が多い場合は、取引条件への影響と登録後の税負担を比較して判断しましょう。

インボイス登録すると消費税を必ず納めますか？

免税事業者が登録した場合は、原則として登録日以後は課税事業者となり、消費税の申告・納付が必要です。

一方、もともと基準期間の課税売上高などにより課税事業者だった場合は、インボイス登録の有無にかかわらず消費税の納税義務があります。

2026年10月から免税事業者への支払いは50％控除ですか？

いいえ。

令和8年度税制改正により、2026年10月1日から2028年9月30日までは仕入税額相当額の70％を控除できる経過措置となりました。

50％へ下がるのは2028年10月1日からです。

インボイスがないと仕入税額控除は一切できませんか？

必ずしもそうではありません。

インボイス未登録事業者等からの仕入れに係る経過措置のほか、税込1万円未満の課税仕入れに係る少額特例、公共交通機関特例、出張旅費等特例などがあります。

適用できる特例は取引内容、金額、事業者の規模などによって異なるため、取引ごとに確認しましょう。

簡易課税なら仕入先からインボイスをもらわなくてもよい？

消費税の納付税額の計算上は、簡易課税制度では実際の仕入税額を積み上げないため、個々の課税仕入れについて適格請求書を保存することは仕入税額控除の計算要件ではありません。

ただし、法人税・所得税上の証憑保存や自社の経費管理のため、請求書・領収書等の保存が必要になる場合があります。

まとめ｜消費税とインボイスの関係を理解し、2026年10月の変更に備えよう

インボイス制度は、消費税の仕入税額控除を受けるための請求書等の保存ルールを中心とする制度です。

本則課税では原則として一定事項を記載した帳簿とインボイス等の保存が必要で、インボイスを交付するには適格請求書発行事業者への登録が必要です。

一方、仕入税額控除そのものはインボイス制度によって新たに作られた仕組みではありません。また、インボイスがない支出が法人税・所得税上の経費として自動的に認められなくなるわけでもありません。

2026年は制度上の大きな切り替え時期です。インボイス未登録事業者等からの仕入れに係る経過措置は、2026年10月から80％ではなく70％へ変更され、その後50％、30％へ段階的に縮小します。

また、一定の個人事業者には2027年・2028年分の3割特例が設けられています。

古い経過措置の割合や2割特例の説明をそのまま使わず、自社の課税期間、消費税の計算方法、取引先の登録状況を確認しながら実務を更新していきましょう。

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参考資料