源泉徴収とインボイス制度の違いと関係性を解説｜消費税の取扱いと実務注意点も

更新日：2025.04.30

ー目次ー

源泉徴収とインボイス制度の違いや関係性について、消費税処理や実務対応に不安を感じていませんか？この記事では、両制度の基本知識から、請求書作成時の注意点、源泉徴収と消費税の正しい取扱い方法までをわかりやすく解説。会計担当者・個人事業主の方必見の内容です。

源泉徴収とは何か基本の仕組み

源泉徴収とは？

源泉徴収とは、給与や報酬、利子、配当など、特定の所得を支払う際に、支払者が所得税や復興特別所得税などの税金をあらかじめ差し引いて、国（税務署）に納付する仕組みです。主に会社や団体など、事業者が個人やほかの事業者に対し報酬などを支払うときに適用されます。

源泉徴収の目的は、税金を確実かつ効率的に徴収することです。支払者が毎月、または支払いごとに税金を天引き・納付することで、受け取る人（受給者）の納税負担や申告漏れを防ぐ役割も担っています。

源泉徴収の対象となる報酬・契約とは

源泉徴収の対象（源泉所得）は、法律により定められており、主なものは以下の通りです。

対象となる所得・報酬	具体例
給与所得	会社員・パート・アルバイトの給与や賞与
報酬・料金（事業所得等）	弁護士・税理士・司法書士など士業への支払い、デザイナーやライターへの外注費、講演料など
利子所得	銀行預金の利子、社債の利子
配当所得	株式の配当金、投資信託の分配金
公的年金等	年金受給者の公的年金
退職所得	退職金
不動産等の使用料	地代・家賃、権利金等（個人への支払時）

特に外部の専門家（弁護士や税理士などの士業）、フリーランス、個人事業主へ支払う報酬や料金は、源泉徴収の対象として意識されることが多い領域です。こうした報酬には、業務委託契約や請負契約などの形態で支払われるケースが含まれます。

なお、源泉徴収の有無は「支払う側」と「受け取る側」の条件、契約内容によっても異なるため、国税庁の公式ガイドラインや税理士等と適宜相談することが重要です。

源泉徴収の流れ・プロセス

源泉徴収の実際の流れは、以下のような手順で進みます。

支払者が支払額を決定し、源泉徴収額を算出・納付する。
法令で定められた一定の率（源泉徴収税率）を当該金額に掛けて、源泉徴収額（控除する税金額）を算出する。
受給者へ、源泉徴収額を差し引いた金額を実際に支払う。
支払者が、差し引いた源泉徴収税額を翌月10日までに税務署へ納付する。
年末調整や確定申告を通じて、受給者は必要に応じて追加徴収や還付を受ける。

ポイントは「支払者が税金を天引きする義務を負い、期限までに納付しなければならない」という点にあります。正確な源泉徴収処理を行うには、支払内容・対象者・契約形態に応じた税率や控除額を確認する必要があります。

源泉徴収税率と計算方法の基本

源泉徴収の税率は、支払内容ごとに法律で細かく定められています。例えば以下のようになります。

支払区分	主な対象	源泉所得税率	復興特別所得税率（合計）
給与所得	会社員等	所得税法の給与所得の源泉徴収税額表に基づく	税額表で決定
報酬・料金（弁護士・税理士・士業等）	個人の弁護士報酬、原稿料等	10.21%	所得税10%＋復興特別所得税0.21%
原稿料・講演料等	講演報酬、ライターの原稿料	10.21%	所得税10%＋復興特別所得税0.21%
不動産使用料等	地代・家賃（個人に支払いの場合）	20.42%	所得税20%＋復興特別所得税0.42%

ただし、金額が一定額以下の場合は源泉徴収が不要など、例外もあります。詳細は国税庁の公式情報も必ず確認が必要です。

源泉徴収の主なメリット・デメリット

源泉徴収の仕組みには、事業者・受給者双方に以下のようなメリット・デメリットがあります。

メリット・デメリット	事業者（支払者）	受給者（個人・事業主）
メリット	納税漏れリスクの軽減、納期管理の効率化	源泉徴収で税金が自動的に処理されるため、納税漏れを防げる
デメリット	事務負担が増加、計算ミスや納期遅れ時のペナルティリスク	実際に手元に入る金額が減る、還付を受けるには確定申告の手続きが必要

源泉徴収と関連する実務ポイント

源泉徴収は、社会保険料・住民税などとの区分や、請求書・領収書の記載内容とも密接に関係しています。また、近年導入されたインボイス（適格請求書）制度とも絡むため、源泉徴収の仕組みと併せて全体像を理解することが、税務リスクの軽減や正確な経理処理に欠かせません。

今後はインボイス制度の適用に伴い、「消費税を含めた源泉所得税の計算方法」「インボイス要件を満たす請求書への記載方法」などについても、正しい知識が求められます。

インボイス制度とは？

インボイス制度（適格請求書等保存方式）は、2023年10月1日から日本で導入された消費税の新しい仕組みです。インボイス（適格請求書）は、所定の情報が記載された請求書や領収書を指し、税務署に登録した「適格請求書発行事業者」のみが発行できます。インボイス発行のためには、各種要件を満たす必要があります。

必要記載事項	具体的内容
① 適格請求書発行事業者の氏名または名称および登録番号	発行者の正式名称と13桁の登録番号（T+数字）を記載
② 取引年月日	請求する取引の日付
③ 取引内容	商品・サービスなど課税・非課税の別が分かる内容
④ 取引金額（税込）ごとに区分して合計した金額	10%・8%など税率ごとに合計額を明記
⑤ 税率ごとに分けた消費税額等	税率ごとに算出した消費税額を明記
⑥ 書類の交付を受ける事業者の氏名または名称	取引相手の名称（契約先）

インボイス制度では上記6項目の記載が求められています。特に消費税額や適格請求書発行事業者番号（インボイス番号）は仕入税額控除のため必須です。

インボイス制度が導入された背景と目的

インボイス制度の導入は、「消費税の適正な課税と仕入税額控除の厳格化」を目的としています。これまでの区分記載請求書方式では、帳簿や請求書の記載不備による不正会計・納税漏れ・消費税の二重控除といった課題がありました。

また、軽減税率の導入により複数税率が混在することから、税率の明確な区分と税額の正確な把握が必要になりました。

適格請求書の発行・保存
消費税率ごとの取引内容や金額の明示
仕入税額控除要件の厳格化

これにより、インボイス発行事業者でない免税事業者からの仕入れについては、段階的猶予措置終了後、仕入税額控除が認められなくなる点も大きな変化です。消費税に関する法令順守や取引書類の厳格な管理、システム対応など、あらゆる事業者に影響を与える制度改正となっています。

源泉徴収とインボイス制度の関係性！

個人事業主・フリーランスの場合

個人事業主やフリーランスは、報酬・料金を受け取る際に源泉徴収の対象となることが多いです。特に、デザイナー、ライター、コンサルタント、弁護士、税理士など、特定の業種で行う業務報酬は「源泉徴収の義務」が発生します。2023年10月からインボイス制度（適格請求書等保存方式）が開始したことで、これまでの請求書や領収書の発行だけでなく、インボイス要件を満たす書類の発行が求められています。

源泉徴収時に消費税をどのように扱うべきかは非常に重要です。例えば、消費税課税事業者でインボイス発行事業者の場合、請求金額のうち消費税部分も含めて源泉徴収し、消費税額を明確に区分して記載する必要があります。一方、インボイス発行事業者でない場合は、消費税の仕入税額控除が取引先でできなくなり、取引継続に影響することもあります。

項目	インボイス発行事業者	インボイス未登録事業者
請求書への記載内容	適格請求書の要件（登録番号、消費税額、税率ごとの区分）	従来通り。ただし仕入税額控除は受けられない
源泉徴収の計算方法	報酬額＋消費税の合計額に源泉徴収	免税事業者の場合は消費税分を分けて記載することも（要注意）
受注側の影響	継続取引のためにインボイス登録が強く求められる	一部の発注側で取引敬遠されるケースあり

インボイス制度導入によって、源泉徴収義務者が「消費税額を正しく記載・区分できているか」「インボイス番号に間違いがないか」をしっかりチェックする必要があります。報酬を受け取る側も、インボイス要件を満たした書類提出が必須となります。

法人・企業が発行者の場合

法人や企業が受注側となり報酬を受け取る際も、報酬が源泉徴収対象であれば源泉所得税が差し引かれます。特に外部顧問契約や講演、委託業務に対する支払いが想定されますが、インボイス制度開始後は「取引先へのインボイス発行」がより重要になりました。

インボイス発行事業者である法人は、発注者から依頼があった際に、必ず適格請求書または適格領収書を発行する義務があります。そして、発注者（源泉徴収義務者）は、支払報酬の中に含まれる消費税額も含めて源泉徴収額を計算しなければなりません。

法人の立場	必要となる手続き・注意点
インボイス発行時	適格請求書発行事業者登録番号の記載、消費税額表示の明確化
源泉徴収	税込金額での源泉所得税額計算（税抜金額で誤計算しないよう注意）
受け取る支払い	消費税額（インボイス要件満たす分）も正確に受領・記録
仕入税額控除	インボイス方式への対応により控除適用漏れを防止

法人数が多い大手企業・法人では、会計システムのアップデートや経理担当者の研修を実施し、インボイス制度と源泉徴収の双方で記載漏れ・計算ミスを極力防ぐ取り組みが進んでいます。また、外注先がインボイス未登録の場合、取引そのものを見直すケースや、報酬額に変動が生じる事例も発生していますので注意が必要です。

このように、源泉徴収とインボイス制度は税務処理において密接に関係しており、どちらか一方のみ注意すれば良いというものではありません。正しい理解と対応が、法令遵守と円滑な取引を保つポイントとなります。

消費税の取扱い方は？源泉徴収とインボイス制度対応のポイント！

源泉徴収とインボイス制度の双方に対応する際、消費税の正しい計算方法や取扱い、関係する書類の記載方法について十分な理解が必要です。ここでは、実務で迷いやすい「消費税額の計算方法」「仕入税額控除への対応」「税込・税抜金額の記載方法」などについて、具体的なポイントをわかりやすく解説します。

消費税額の計算方法

報酬や料金の支払い時、消費税の取り扱いに関して以下のポイントに注意しましょう。特にインボイス制度導入後は、消費税額の計算や記載に厳密なルールが求められます。

支払金額の内訳	取引例	計算方法	注意点
報酬額（税抜）	デザイン料、原稿料など	税抜金額 × 10%（または8%）	インボイス発行事業者かを必ず確認
消費税額	上記に対する消費税	消費税の端数処理は事業所ごとに明示	税込金額で記載する場合は逆算が必要
源泉徴収税額	ライター、士業など	（報酬＋消費税）× 10.21% ※一部職種で率は異なる	消費税も課税対象に含む点に注意

この表に基づき、消費税額・源泉徴収税額を正しく計算しましょう。

仕入税額控除の対応

インボイス制度（適格請求書等保存方式）では、仕入税額控除を適用するために「適格請求書」（インボイス）の保存が必須となります。

支払先の区分	インボイス発行	仕入税額控除	必要書類
インボイス発行事業者	要件を満たすインボイスが必要	控除可能	適格請求書、領収書等
免税事業者	インボイス発行不可	控除不可	区分記載請求書等のみ

取引先がインボイス発行事業者か否かを取引前に必ず確認し、インボイス番号や消費税額など必要情報が明確に記載された請求書・領収書を保存しましょう。
また、源泉徴収税額に含まれる消費税分も、インボイスを保存していれば仕入税額控除の対象となります。

税込・税抜金額の記載方法

インボイス制度の下では、請求書・領収書への明確な消費税等表示が義務付けられています。
特に源泉徴収対象となる報酬等では、「税抜金額」「消費税額」「合計金額（＝税込）」を必ず区分して記載しましょう。

記載項目	主な記載内容	インボイス制度での必須事項
税抜金額	本体価格（課税・非課税を分けて記載）	◯
消費税額	標準税率・軽減税率ごとに区分	◯
税込金額	合計金額を明記、端数処理も明示	◯
インボイス番号	登録された適格請求書発行事業者番号	◯
源泉徴収税額	消費税を含めて計算した金額	△（法定調書等で明記必要）

特に2023年10月のインボイス制度対応請求書では、消費税の内訳を「標準税率」「軽減税率」ともに明確に分け、端数処理方法も注記するとトラブル防止につながります。

取引内容や契約ごとに異なるケースがあるため、具体的な記載例を参考に、自社または個人で最適な記載ルールを構築しましょう。インボイスの要件を満たす書類を作成・保存することが、正しい消費税処理と税務リスク低減につながります。

インボイス制度の導入に伴う源泉徴収の注意点

源泉徴収の対象となる取引

インボイス制度の開始により、請負や委託などのビジネスにおいても請求書や領収書に厳格な記載が求められるようになりましたが、源泉徴収税の対象取引には特に注意が必要です。たとえば、士業報酬（弁護士・税理士・公認会計士等）、原稿料、講演料、デザインやシステム開発の請負、出演料などが該当します。

これらの取引では、消費税を含めた支払金額に対し源泉徴収を行うため、請求書での消費税明示やインボイス番号の記載が重要となります。

取引内容	源泉徴収の要否	インボイス対応の必要性
外部ライターへの原稿料	必要	要（適格請求書発行・消費税明記）
弁護士・税理士への報酬	必要	要（インボイス番号記載必須）
動画出演料	必要	要（消費税取扱明記）
仕入れ(物品購入)	不要	要（インボイス発行で仕入税額控除可）

インボイス要件を満たす請求書・領収書の書き方

適格請求書（インボイス）は、源泉徴収が発生する取引で消費税額や源泉徴収対象額を明確に記載することが重要です。請求書や領収書の書式不備があると、仕入税額控除が受けられなくなる・トラブルになる可能性があります。

適格請求書に必須となる主な記載事項：

適格請求書発行事業者の氏名または名称、登録番号
取引年月日
取引内容（役務・サービスの内容と数量）
取引金額（税込・税抜の双方、または内訳、※消費税額は端数処理の方法も明記）
消費税額（端数処理方法も可能であれば記載）
源泉徴収税額
請求先の氏名・名称

項目	記載例
適格請求書発行事業者登録番号	T1234567890123
消費税額	￥10,000（うち消費税￥909）
源泉徴収税額	￥1,022
取引内容	業務委託（Webサイトコーディング）

記載例：請求書の一部

請求金額（税抜）：￥50,000
消費税額：￥5,000
合計請求額（税込）：￥55,000
源泉徴収税額：￥5,102
差引支払額：￥49,898
適格請求書発行事業者登録番号：T1234567890123

記載漏れや記載ミスのトラブル事例

インボイス制度開始後、源泉徴収絡みでよく発生しているトラブル例を紹介します。

適格請求書発行事業者の登録番号が抜けていたため、支払側で仕入税額控除が認められなかった。
消費税が代金に含まれているか明示せず、源泉徴収額の計算ミスが発生した。
「税込」「税抜」金額欄の誤記で、双方認識違いによる差額請求が発生した。
本来源泉徴収対象となる業務なのに、源泉税額未記載で支払ミスが起きた。

こうしたトラブルへの対応として、源泉徴収対象の委託契約・外注時は、発注先・受託先間で金額・消費税・源泉税額を相互に確認し、インボイスの記載要件を徹底する必要があります。特に会計ソフトや請求書作成ツールの設定も、インボイス仕様に最新化しておくことが求められます。

Q&A｜インボイスと源泉徴収でよくある質問まとめ

インボイス制度で源泉徴収はどう変わった？

源泉徴収の基本的な処理方法自体に変更はありません。従来どおり、一定の報酬・料金に対しては源泉所得税の計算や納付が必要です。

源泉徴収対象の取引でもインボイスの発行は必要？

はい、原則として源泉徴収の対象となる報酬や料金の支払取引であっても、インボイス制度の要件を満たしたインボイス（適格請求書）を発行・保存する必要があります。

報酬から源泉徴収と消費税が差し引かれるのは、二重課税にならないの？

源泉徴収と消費税は別々の税金であり、二重課税ではありません。
請求金額の金額構成について整理すると、以下のようになります。

項目	内容
税込報酬総額	（例）110,000円 ※税抜100,000円＋消費税10,000円
源泉所得税	（例）10.21％×100,000円＝10,210円 ※消費税は含めず、税抜金額に対して算出
実際の支払額	110,000円－10,210円＝99,790円