公益財団法人のインボイス対応ガイド｜消費税がかかる取引と非課税の境目とは

更新日：2025.07.01

ー目次ー

公益財団法人として活動されている皆さまにとって、インボイス制度への対応は「うちは対象なのか？」「消費税はどう扱うべきか？」といった悩みの種ではないでしょうか。

本記事では、事業収入や寄付金など、法人の収入ごとの消費税の取り扱いから、インボイス制度にどう向き合えばよいかをできるだけわかりやすく解説しています。実務に役立つ視点を丁寧にまとめておりますので、制度への不安を安心に変える一助となれば幸いです。

公益財団法人とインボイス制度の基礎知識

インボイス制度は、多くの事業者に影響を与えていますが、公益財団法人も例外ではありません。本章では、まず公益財団法人とは何か、そしてインボイス制度の基本的な仕組みについて解説します。これらの基礎知識を理解することが、適切なインボイス対応への第一歩となります。

公益財団法人とは？

公益財団法人とは、「公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律」に基づき、行政庁（内閣府または都道府県知事）から公益認定を受けた財団法人のことを指します。その事業は、学術、技芸、慈善その他公益に関するものであり、不特定かつ多数のものの利益の増進に寄与することを目的としています。

公益財団法人は、その公益性の高さから、税制上の優遇措置が認められる場合があります。主な特徴としては、以下の点が挙げられます。

公益目的事業を行うことを主たる目的とする
事業運営の透明性が求められる
財産的基礎と事業遂行能力が求められる

これらの特性を理解した上で、インボイス制度との関連性を考える必要があります。

インボイス制度とは？基本的な仕組みを解説

インボイス制度とは、正式名称を「適格請求書等保存方式」といい、2023年10月1日から導入された消費税の仕入税額控除に関する新しい制度です。この制度の導入により、買手側が消費税の仕入税額控除を受けるためには、原則として売手側から交付された「適格請求書（インボイス）」の保存が必要となりました。

適格請求書とは、売手が買手に対して正確な適用税率や消費税額等を伝えるための請求書や領収書などの書類です。

適格請求書を発行できるのは、「適格請求書発行事業者」として税務署に登録した事業者のみです。公益財団法人も、課税取引を行う場合には、この適格請求書発行事業者になるかどうかを検討する必要があります。インボイス制度は、消費税の納税額計算に直接関わるため、その仕組みを正しく理解することが極めて重要です。

公益財団法人の事業とインボイス制度の関連性

インボイス制度は事業運営における消費税の取り扱いに大きな影響を与えます。本章では、公益財団法人の主な収入源と消費税の基本的な考え方、そして適格請求書発行事業者になるべきかの判断基準について詳しく解説します。

公益財団法人の主な収入源と消費税の基本的な考え方

公益財団法人の収入には、事業収入、会費収入、寄付金収入、補助金・助成金など様々なものがあります。これらの収入が消費税の課税対象となるか否かは、インボイス制度への対応を考える上で非常に重要です。原則として、対価を得て行う取引は消費税の課税対象となります。

事業収入とインボイス制度

公益財団法人が行う物品の販売、施設の貸付、セミナーや講演会の開催、調査研究の受託など、役務の提供や資産の譲渡等の対価として得られる収入は、原則として消費税の課税売上に該当します。これらの取引において、取引先（買手）が課税事業者である場合、仕入税額控除のために適格請求書（インボイス）の交付を求められる可能性があります。

会費収入とインボイス制度

会費収入が消費税の課税対象となるかは、その会費が提供される役務との間に明白な対価関係があるかどうかで判断されます。例えば、会員に対して定期的な刊行物の送付、会員限定の研修参加権、施設利用の割引など、会費と提供される便益との間に対価関係が認められる場合は課税売上となります。この場合、インボイスの交付が必要となることがあります。一方、団体の運営のために徴収される通常の会費で、特段の対価性がないと判断される場合は不課税取引となり、インボイスの交付は不要です。

寄付金収入とインボイス制度

寄付金は、一般的に特定の物品の販売やサービスの提供の対価として受け取るものではないため、消費税の課税対象外（不課税取引）となります。したがって、寄付金収入に対して適格請求書（インボイス）を発行する必要はありません。

補助金・助成金とインボイス制度

国や地方公共団体、その他の団体から交付される補助金や助成金も、原則として事業活動の対価として支払われるものではないため、消費税の課税対象外（不課税取引）とされます。そのため、これらの収入に関してもインボイスの発行は不要です。ただし、補助金や助成金の名目であっても、実質的に特定の役務提供や資産の譲渡の対価として交付されると認められる場合には、課税売上となるケースも存在するため、個別の契約内容等を慎重に確認する必要があります。

収入の種類	消費税の取り扱い	インボイス発行の要否
事業収入（物品販売、セミナー料など）	原則として課税売上	買手が課税事業者で、インボイスを求められた場合は原則必要
会費収入	対価性の有無により判断（対価性があれば課税、なければ不課税）	課税売上に該当し、買手がインボイスを求めた場合は原則必要
寄付金収入	原則として不課税	不要
補助金・助成金収入	原則として不課税（実質的な対価と認められる場合は課税の可能性あり）	原則不要（課税売上に該当する場合は必要となる可能性あり）

適格請求書発行事業者になるべきか公益財団法人のための判断基準

インボイス制度の開始に伴い、公益財団法人も適格請求書発行事業者として登録するかどうかを検討する必要があります。登録は任意ですが、以下の点を総合的に考慮して判断することが求められます。

主な判断基準としては、まず、公益財団法人の事業の中に消費税の課税売上が存在するかどうかです。課税売上があり、かつその取引先（買手）の多くが課税事業者であり、仕入税額控除のためにインボイスを必要としている場合には、登録を検討する必要性が高まります。もし登録しない場合、取引先が仕入税額控除を受けられなくなるため、取引価格の交渉や、場合によっては取引の見直しを求められる可能性も考慮しなければなりません。

一方で、収入の大部分が寄付金や補助金などの不課税取引であり、課税売上がごくわずかである場合や、主な取引先が一般消費者や免税事業者である場合は、登録の必要性は相対的に低くなります。ただし、将来的に課税取引が増加する可能性があるかなども見据えて判断することが重要です。適格請求書発行事業者になると、消費税の申告・納税義務が生じ、経理処理も煩雑になるため、事務負担の増加も考慮に入れるべきでしょう。

公益財団法人のインボイス対応！消費税がかかる取引と非課税の境目

インボイス制度の導入により、公益財団法人においても、その事業活動における消費税の取り扱いが一層重要になります。ここでは、公益財団法人の取引が消費税の課税対象となるケース、非課税となるケース、そして公益法人特有の会計処理との関連について解説します。

公益財団法人における課税取引の具体例とインボイス

公益財団法人が適格請求書発行事業者である場合、求めに応じてインボイスを発行する必要があります。

主な課税取引の具体例としては、以下のようなものが挙げられます。

物品販売収入：出版物（書籍、報告書など）、オリジナルグッズ、カレンダーなどの販売による収入。
事業収益を伴う役務提供：有料セミナー、講演会、研修会の参加費、専門的なコンサルティング料。
施設利用料：会議室、ホール、展示スペースなどの貸付による収入。
広告掲載料：機関誌やウェブサイトへの広告掲載による収入。

これらの取引は、対価を得て行われる資産の譲渡や役務の提供に該当するため、消費税の課税対象となります。インボイスには、登録番号、適用税率、消費税額などの法定記載事項を正確に記載する必要があります。

公益財団法人における非課税取引の具体例とインボイス

これらの取引については、原則としてインボイスの発行は不要です。

代表的な非課税取引および不課税取引の例は以下の通りです。

取引区分	具体例	消費税の扱い	インボイス発行	備考
非課税取引	土地の譲渡・貸付け、有価証券等の譲渡、預貯金の利子、社会保険医療の給付等、一定の社会福祉事業、学校の授業料・入学金等	非課税	不要	消費税法で限定的に列挙されている取引です。
不課税取引	会費収入（事業との明確な対価関係がないもの）、寄付金収入、補助金・助成金収入（原則として対価性がないもの）	不課税	不要	対価を得て行う取引に該当しないため、消費税の課税対象外です。ただし、会費や補助金等が実質的に対価と認められる場合は課税取引となることがあります。

特に会費や寄付金、補助金については、その性質が対価性を持つかどうかによって課税・不課税の判断が分かれる場合があります。例えば、会費であっても、会報の配布やセミナー参加権など、明確な役務提供の対価と認められる部分は課税対象となる可能性があります。

特定収入に係る仕入税額控除の特例とインボイス制度のポイント

公益財団法人などの公益法人は、消費税の仕入税額控除に関して「特定収入に係る仕入税額控除の特例」という制度の適用を受ける場合があります。特定収入とは、補助金、会費（対価性のないもの）、寄付金など、使途が特定されていない、または課税売上にのみ関連しない収入を指します。

この特例は、特定収入を財源として行った課税仕入れ等について、その仕入れに係る消費税額の全部または一部を仕入税額控除の対象としないように調整するものです。インボイス制度導入後も、この特例の基本的な考え方に変更はありません。

インボイス制度下における主なポイントは以下の通りです。

仕入税額控除の前提：特定収入の特例計算を行う以前に、そもそも仕入税額控除の適用を受けるためには、原則として適格請求書（インボイス）の保存が必要となります。つまり、特例の対象となる課税仕入れについても、インボイスの入手・保存が重要です。
区分経理の重要性：特定収入とその使途を明確にするため、日々の会計処理において適切な区分経理を行うことが一層求められます。
計算方法の理解：特定収入割合の計算や調整対象となる仕入税額の計算が複雑になる場合があるため、制度を正しく理解し、適用する必要があります。

公益財団法人がこの特例の適用を受ける場合、インボイス制度への対応と合わせて、会計処理や申告業務において細やかな注意が必要となります。

公益財団法人がとるべきインボイス対応の流れ！

インボイス制度への対応は、公益財団法人にとっても重要な課題です。適格請求書発行事業者としての登録から、日々の経理処理、取引先との連携まで、計画的に進める必要があります。ここでは、公益財団法人がインボイス制度に対応するための具体的な流れを解説します。

適格請求書発行事業者の登録申請手続き方法

インボイス（適格請求書）を交付するためには、まず「適格請求書発行事業者」としての登録を税務署に行う必要があります。登録を受けることで、Tから始まる登録番号が通知されます。

主な申請方法は以下の通りです。

e-Tax（国税電子申告・納税システム）による申請：オンラインで手続きが完結するため、迅速かつ便利です。マイナンバーカードと対応するICカードリーダライタまたはスマートフォンが必要です。
書面による申請：国税庁のウェブサイトから「適格請求書発行事業者の登録申請書」をダウンロードし、必要事項を記入の上、所轄の税務署（インボイス登録センター）へ郵送します。

登録申請書には、法人番号や本店所在地、代表者氏名などを記載します。申請後、税務署での審査を経て登録が完了すると、登録番号が通知され、国税庁の「適格請求書発行事業者公表サイト」で公表されます。登録には一定の期間を要する場合があるため、早めの手続きを心がけましょう。

インボイス（適格請求書）の正しい様式と記載事項

適格請求書（インボイス）として認められるためには、法律で定められた事項を記載する必要があります。従来の請求書に加えて、主に以下の情報が必要となります。

記載事項	主な内容
適格請求書発行事業者の登録番号	税務署から通知された「T」＋13桁の法人番号
適格請求書発行事業者の氏名または名称	公益財団法人の正式名称
取引年月日	課税資産の譲渡等を行った年月日
取引内容（軽減税率の対象品目である旨）	提供した役務や物品の内容。軽減税率（8%）の対象品目については、その旨を明記
税率ごとに区分して合計した対価の額（税抜または税込）および適用税率	10%対象と8%対象それぞれの合計金額と、適用される税率
税率ごとに区分した消費税額等	10%対象と8%対象それぞれの消費税額
書類の交付を受ける事業者の氏名または名称	取引先の正式名称

これらの記載事項を満たした請求書や領収書、納品書などがインボイスとして扱われます。なお、不特定多数の者に対して販売等を行う小売業、飲食店業、タクシー業等を営む公益財団法人の場合、一部記載事項を省略した「適格簡易請求書」の交付も認められています。

会計処理・経理システム変更時のインボイス対応

インボイス制度の導入に伴い、会計処理や経理システムの見直しが必要になる場合があります。特に以下の点に注意が必要です。

会計ソフト・経理システムの確認と更新：現在使用している会計ソフトや経理システムがインボイス制度に対応しているか確認し、未対応の場合はアップデートやシステムの入れ替えを検討します。インボイスの保存要件（電子帳簿保存法との関連も含む）も満たせるシステムが望ましいです。
請求書発行システムの改修：自法人で発行する請求書が、上記の適格請求書の記載事項を網羅できるように、発行システムやExcel等のテンプレートを改修します。
仕訳処理の変更：課税仕入れに係る消費税額の計算において、交付されたインボイスに基づいて仕入税額控除を行う必要があります。帳簿には、インボイスの保存がある旨の記載が必要となります。
インボイスの保存方法の確立：受け取ったインボイス、発行したインボイスの写しは、原則として7年間保存する義務があります。紙での保存だけでなく、電子データでの保存（電子帳簿保存法の要件を満たす必要あり）も検討しましょう。

これらの変更は、経理担当者の業務フローにも影響を与えるため、十分な準備期間を設け、研修などを行うことも重要です。

取引先との連携インボイス制度への対応依頼

インボイス制度は、自法人だけでなく取引先との連携も不可欠です。特に仕入先からのインボイス受領が仕入税額控除の要件となるため取引先との良好な関係を維持しつつ、制度への理解と協力を求めるコミュニケーションが重要になります。

まずは、仕入先や業務委託先が適格請求書発行事業者として登録されているかを確認し、その登録番号を把握しておきましょう。国税庁の「適格請求書発行事業者公表サイト」などを活用すれば、登録状況の確認が可能です。

次に、取引先が適格請求書発行事業者である場合には、インボイス制度に対応した様式での請求書発行を依頼します。スムーズな移行のためにも、事前に書面やメールでの依頼を行うことが望まれます。

また、取引先が免税事業者である場合には、原則としてインボイスを受け取ることができず、その仕入については仕入税額控除を行うことができません。そのため、今後の取引条件や価格設定について、必要に応じて取引先と協議することも検討すべき重要なポイントです。（詳細は次章で解説します）

公益財団法人がインボイス対応で注意すべき重要ポイント

公益財団法人がインボイス制度に対応する上で、特に留意すべき点を解説します。制度への円滑な移行と適切な運用のため、これらのポイントを確実に押さえ、公益活動への影響を最小限に抑えることが重要です。

免税事業者である取引先への対応とインボイス

公益財団法人が商品やサービスの提供を受ける際、取引先が免税事業者である場合には注意が必要です。免税事業者からの仕入れについては、原則として仕入税額控除を受けることができません。これにより、公益財団法人の消費税負担が増加する可能性があります。

こうした状況に対応するための具体策としては、まず取引先に対して適格請求書発行事業者への登録を検討していただくよう依頼することが考えられます。また、インボイス制度導入後の影響をふまえたうえで、取引条件について協議することも重要です。さらに、必要に応じて、すでに適格請求書発行事業者である他の取引先への切り替えを検討することも選択肢となります。

ただし、これらの対応を進める際には、独占禁止法や下請法に抵触することのないよう注意が必要です。優越的地位の濫用とみなされかねないような一方的な要請は避け、取引先との良好な関係を保ちながら、制度への移行を円滑に進めていくことが求められます。

インボイス制度の経過措置の理解と賢い活用法

インボイス制度の開始に伴い、免税事業者からの課税仕入れについても、一定期間は仕入税額相当額の一定割合を控除できる経過措置が設けられています。公益財団法人においても、この経過措置を理解し、適切に活用することが求められます。

経過措置の期間と控除可能な割合は以下の通りです。

期間	控除割合
2023年10月1日から2026年9月30日まで	仕入税額相当額の80%
2026年10月1日から2029年9月30日まで	仕入税額相当額の50%