インボイス未登録業者との取引はどうなる？2026年の経過措置・確認方法・注意点を解説

取引先がインボイスに登録していなくても、取引そのものが禁止されるわけではありません。ただし、買手が消費税の原則課税を採用している場合は、仕入税額控除に影響するため注意が必要です。

特に2026年10月からは、免税事業者などインボイス未登録業者からの仕入れに使える経過措置が見直され、控除できる割合が80％から70％へ変わります。さらに、取引条件の見直し方によっては取適法や独占禁止法などの問題になる可能性もあります。

この記事では、インボイス未登録業者と取引した場合の税務上の影響、2026年以降の経過措置、登録業者かどうかの確認方法、取引条件を見直す際の注意点をわかりやすく解説します。

まず結論｜インボイス未登録業者との取引自体は可能

インボイス未登録業者と取引すること自体に問題はありません。また、インボイス登録は課税事業者を含めて一律の義務ではありません。

ただし、買手側が原則課税で消費税を計算している場合、未登録業者からの仕入れでは適格請求書を受け取れないため、仕入税額控除を全額受けることができません。そこで、まず自社の消費税の計算方法と、取引先の登録状況を分けて確認することが重要です。

インボイス未登録業者とは？登録していなくても取引できる

インボイス未登録業者とは、税務署から適格請求書発行事業者の登録を受けていない事業者です。免税事業者だけでなく、課税事業者であってもインボイス登録をしていないケースがあります。

インボイスを発行できるのは、適格請求書発行事業者として登録された事業者だけです。未登録業者が発行する通常の請求書や領収書は、取引の証拠としては利用できますが、適格請求書にはなりません。

関連記事：インボイス未登録事業者の請求書の書き方｜消費税の計算方法などを解説。

課税売上高1,000万円を超えてもインボイス登録は自動ではない

基準期間の課税売上高が1,000万円を超えるなどの理由で消費税の課税事業者になっても、自動的にインボイス登録業者になるわけではありません。適格請求書を発行するには別途、登録申請が必要です。

そのため、「課税事業者だからインボイス登録済み」と判断せず、取引先から受け取った登録番号が有効か確認することが大切です。

インボイス未登録業者と取引すると買手に何が起こる？

原則課税では仕入税額控除を全額受けられない

原則課税では、売上にかかる消費税額から、仕入れや経費で負担した消費税額を差し引いて納付税額を計算します。インボイス制度では、原則として仕入税額控除を受けるために適格請求書等の保存が必要です。

そのため、未登録業者からの課税仕入れについては、経過措置がなければ仕入税額控除を受けられません。取引先が未登録だから経費計上できないわけではなく、影響するのは主に消費税の仕入税額控除です。

簡易課税や2割・3割特例では影響が小さい場合がある

一方、簡易課税制度では、実際の仕入税額ではなく業種ごとのみなし仕入率を使って納付税額を計算します。また、2割特例や3割特例も売上税額を基準に納付税額を計算します。

このような計算方法を採用している場合、取引先がインボイス未登録であることが納付税額に直接影響しないケースがあります。未登録業者との取引条件を見直す前に、自社がどの計算方法を使っているかを確認しましょう。

【2026年改正】未登録業者からの仕入れは7・5・3割控除へ

免税事業者などインボイス未登録業者からの課税仕入れについては、制度移行のための経過措置があります。令和8年度税制改正により、2026年10月以降の控除割合と適用期限が見直されました。

なお、2026年10月1日以後に開始する課税期間からは、1つのインボイス未登録業者からの課税仕入れの合計額が、その年または事業年度で1億円を超える場合、超えた部分にはこの経過措置を適用できません。

経過措置を利用するには、区分記載請求書等と同様の事項が記載された請求書等の保存と、帳簿への所定の記載が必要です。

参照：国税庁「令和8年度税制改正特集」

関連記事：【2026年10月から適用】免税事業者仕入の控除率変更｜経理担当者が押さえる仕訳・設定・運用

取引先がインボイス登録業者か確認する3つの方法

1．請求書に記載された登録番号を公表サイトで確認する

最も確実なのは、取引先から受け取った請求書や領収書に記載された「T＋13桁」の登録番号を、国税庁の適格請求書発行事業者公表サイトで確認する方法です。

公表サイトでは、登録番号が取引時点で有効か、登録取消・失効がないかまで確認できます。請求書に番号が書かれていても、文字列があるだけで適格請求書になるわけではないため、初回取引時や登録変更時には確認すると安心です。

2．法人は法人番号から登録状況を確認する

法人の場合、登録番号は原則として「T＋法人番号」です。法人番号がわからない場合は国税庁の法人番号公表サイトで法人番号を確認し、その番号をもとに適格請求書発行事業者公表サイトで登録状況を確認できます。

3．個人事業者で番号が不明なら直接確認する

個人事業者の登録番号も公表対象ですが、公表サイトの通常検索は登録番号の入力が基本です。氏名しかわからない場合は、取引先に登録の有無と登録番号を直接確認する方法が実務上わかりやすいでしょう。

多数の取引先を継続的に確認する場合は、国税庁が提供する全件データやWeb-APIの利用も検討できます。

参照：国税庁「適格請求書発行事業者公表サイト」

関連記事：インボイスの登録状況が分からない！確認方法と登録番号の調べ方

未登録業者との取引で実務上やること5ステップ

未登録業者への登録要請・値下げ交渉で注意したい法律

取引先にインボイス登録をお願いすること自体が直ちに違法になるわけではありません。また、双方が十分に協議し、納得したうえで取引価格を見直すことも可能です。

ただし、取引上の立場を利用して「登録しなければ価格を一方的に引き下げる」「応じなければ取引を打ち切る」と通告するような対応は、取引関係によって独占禁止法、取適法、フリーランス法などの問題となる可能性があります。

2026年1月から「下請法」ではなく取適法を確認する

2026年1月1日から、従来の下請法に代わる中小受託取引適正化法（取適法）が施行されています。対象となる取引では、委託事業者による代金減額や不当な経済上の利益の提供要請などが禁止されています。

なお、すべての業者間取引が取適法の対象になるわけではありません。資本金・従業員規模や取引内容によって適用関係が異なるため、具体的な条件変更を行う場合は公正取引委員会等の最新情報を確認しましょう。

参照：公正取引委員会「インボイス制度関連コーナー」

関連記事：【違法？】免税事業者に消費税を払わないとどうなる？インボイス制度に当てはめて解説

インボイス未登録業者から受け取った請求書は保存する？

インボイス未登録業者の請求書であっても、取引の証拠や法人税・所得税の経費処理に必要となるため、通常どおり保存します。さらに、原則課税の事業者が経過措置による仕入税額控除を受ける場合は、一定事項が記載された請求書等と帳簿の保存が必要です。

関連記事：インボイスの領収書に登録番号なしは無効？仕入税額控除の可否と今すぐできる対応策

よくある質問

インボイス未登録業者と取引してはいけないのですか？

いいえ。未登録業者との取引は禁止されていません。買手が原則課税の場合は仕入税額控除に影響するため、その影響を確認して取引条件を判断します。

未登録業者から消費税を請求されたら支払わなくてよいですか？

インボイス未登録であることだけを理由に、合意済みの代金や消費税相当額を一方的に支払わない対応は避けるべきです。価格は契約・協議によって決めるものであり、取引関係によっては一方的な減額が法令上問題になることがあります。

課税事業者なら必ずインボイス登録していますか？

いいえ。課税事業者であっても、適格請求書発行事業者の登録申請をしていなければインボイスは発行できません。登録状況は登録番号を使って国税庁の公表サイトで確認しましょう。

2026年10月から未登録業者との取引はどう変わりますか？

経過措置の控除割合が80％から70％へ変わります。その後は2028年10月から50％、2030年10月から30％となり、2031年10月以降は経過措置が終了します。

まとめ｜未登録かどうかだけでなく、自社の課税方式と2026年改正を確認しよう

インボイス未登録業者との取引は可能です。ただし、自社が原則課税の場合は仕入税額控除に影響するため、取引先の登録状況と経過措置を確認する必要があります。

2026年10月からは、免税事業者等からの仕入れに使える経過措置が80％から70％へ変わり、その後も50％、30％と段階的に縮小します。一方、簡易課税や2割・3割特例などでは、仕入先の登録状況が税額計算に直接影響しないケースもあります。

まずは自社の消費税計算方法を確認し、そのうえで取引先の登録番号、税負担への影響、契約条件を順番に整理しましょう。条件変更が必要な場合も、一方的な値下げや登録強要は避け、双方で協議して進めることが大切です。

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