電子帳簿保存法で請求書はどう保存する？紙・PDF・スキャン別に2026年最新ルールを解説

請求書の保存方法は、「紙で受け取ったか」「PDFやメールなど電子データで受け取ったか」によって大きく異なります。

結論からいうと、PDFやメール、クラウドサービスなどで電子的に受け取った請求書は、原則として電子データのまま保存する必要があります。一方、紙で受け取った請求書は、紙のまま保存する方法と、電子帳簿保存法の要件を満たしてスキャナ保存する方法から選べます。

この記事では、2026年時点の電子帳簿保存法に基づき、請求書の保存方法を受取側・発行側、紙・電子データ別に整理します。スキャナ保存や電子取引データの保存要件、保存期間、実務で間違えやすいポイントもあわせて確認しましょう。

【早見表】電子帳簿保存法による請求書の保存方法

まずは、請求書をどのような方法で受領・発行したかによって保存方法を整理しましょう。

電子帳簿保存法には、大きく「電子帳簿等保存」「スキャナ保存」「電子取引データ保存」の3つの区分があります。

【受取側】PDFやメールで受け取った請求書は電子データで保存する

メールに添付されたPDF、クラウド請求書サービスからダウンロードした請求書、Webサイト上で取得した請求書など、電子的に授受した取引情報は「電子取引」に該当します。

2024年1月1日以後は、電子取引で授受した請求書等について、原則として電子データのまま保存する必要があります。

プリントアウトして紙で保管してもよい？

電子請求書を社内確認や経理処理のために印刷すること自体は禁止されていません。

ただし、印刷した紙だけを保存し、元のPDFや電子データを削除する方法では、原則として電子取引データの保存義務を満たしません。

【受取側】紙で受け取った請求書は紙保存またはスキャナ保存

郵送や手渡しで紙の請求書を受け取った場合、電子データへ変換する義務はありません。

紙の原本をそのまま保存することも、一定の要件を満たしてスキャナ保存することもできます。

紙のまま保存する場合

紙で受領した請求書を紙のまま保存する場合は、電子帳簿保存法のスキャナ保存要件を満たす必要はありません。

取引先・年度・月など、自社で検索しやすい単位で整理し、税務調査等の際に速やかに提示できる状態で保存しましょう。

スキャナ保存する場合

紙の請求書は、スキャナや複合機、スマートフォン等で画像化して電子保存することもできます。

請求書は資金や物の流れに直結する「重要書類」に該当するため、主に次の要件を満たします。

スキャナ保存の要件を満たし、画像が鮮明で必要なページがすべて読み取れていることを確認した後は、原則として紙原本を廃棄できます。

データが不鮮明だったり要件を満たしていなかったりする状態で原本を廃棄すると、法定保存を満たせなくなるおそれがあるため、確認後に廃棄する運用にしましょう。

【発行側】請求書の控えはどう保存する？

請求書を発行した側についても、法人税・所得税・消費税などの規定により保存が必要となる請求書の控えや電子データを適切に保存します。

電子データで発行した場合

請求書をPDFでメール送信した場合や、クラウド請求書サービス上で電子的に交付した場合は、電子取引に該当します。

相手に交付した請求書の電子データを保存してください。

印刷した控えを社内で保管することはできますが、電子取引データとして保存義務がある場合は、紙だけに置き換えることはできません。

紙で発行した場合

紙で取引先へ交付した請求書の控えについては、紙で保存できます。

また、請求書をパソコン等で作成し、その電子データを一定の要件に従って保存する「電子帳簿等保存」を利用する方法や、紙の控えを所定の要件でスキャナ保存する方法もあります。

どの方法を利用するかに応じて、該当する保存要件を確認してください。

適格請求書の写し等は7年間保存する

適格請求書発行事業者は、交付した適格請求書の写し、または提供した適格請求書に係る電磁的記録を保存する義務があります。

保存期間は、交付・提供した日の属する課税期間の末日の翌日から2か月を経過した日から7年間です。

電子取引の請求書データで満たす保存要件

PDF、メール、クラウドサービスなど電子的に授受した請求書を保存するときは、主に「改ざん防止」と「確認・検索できる状態」の確保がポイントです。

要件1｜改ざんを防止する

電子取引データについては、次のいずれかの方法などによってデータの真実性を確保します。

専用の電子帳簿保存システムを導入していなくても、事務処理規程を整備して運用する方法で対応できます。

要件2｜データを確認・検索できる状態にする

保存している電子データは、税務調査等の際に画面で確認し、必要に応じて速やかに出力できる状態にしておきます。

検索機能については、原則として次の3項目で検索できる状態が求められます。

さらに、日付・金額について範囲を指定して検索できることと、2つ以上の項目を組み合わせて検索できることも原則として求められます。

ただし、税務職員による電子データのダウンロードの求めに応じられる状態であれば、範囲指定と組み合わせ検索の要件は不要です。

さらに、判定期間に係る基準期間の売上高が5,000万円以下であるなど、一定の要件を満たす事業者は、検索機能そのものが不要になる場合があります。

専用システムがなくてもファイル名・索引簿で管理できる

電子帳簿保存法に対応するために、有料の専用システムが必ず必要というわけではありません。

取引件数が多くない場合は、規則的なファイル名を付けて保存する方法があります。

取引年月日、金額、取引先を規則的に記載しておけば、パソコンの検索機能を使って必要なデータを探しやすくなります。

取引件数が多い場合は、表計算ソフト等で索引簿を作る方法もあります。

電子取引データ保存には猶予措置もある

2024年1月以後は電子取引データの保存が必要ですが、保存要件に従った対応ができないことについて「相当の理由」がある事業者向けの猶予措置があります。

次の要件を満たす場合は、改ざん防止や検索機能などの保存時の要件に沿った対応が不要となり、電子取引データ自体を保存しておけばよいとされています。

猶予措置について事前の申請は必要ありません。

一方、保存要件どおりに対応できる環境が整っているにもかかわらず、特段の理由なく要件に従わない場合まで対象になるものではありません。

電子帳簿保存法における請求書の保存期間

請求書の保存期間は、電子帳簿保存法によって一律に「7年間」などと決められているわけではありません。

法人税法、所得税法、消費税法など、その請求書に適用される元の保存義務によって期間が決まります。

同じ請求書について複数の法律上の保存義務が重なる場合は、実務上、最も長い保存期間を満たすように管理すると分かりやすくなります。

電子帳簿保存法で請求書を保存するときの実務チェック

特に見落としやすいのが、従業員個人のメールアドレス、スマートフォン、ECサイトの個人アカウントなどで取得した電子領収書・請求書です。

会社の業務に関する取引情報であれば、経費精算時に会社の保存先へ電子データを提出・集約するルールを整えておきましょう。

電子帳簿保存法の要件を満たしていないとどうなる？

電子帳簿保存法の保存要件を一部満たしていないからといって、直ちに一律の罰金が科されるわけではありません。

ただし、必要な帳簿・電子取引データを保存・提示できない場合は、税務調査で申告内容を確認する資料が不足し、税務上の不利益につながる可能性があります。

また、スキャナ保存データや電子取引データに関連して、売上除外、経費の水増し、架空取引などの隠蔽・仮装が把握された場合には、通常の重加算税にさらに10％が加重される場合があります。

青色申告の承認についても、電子帳簿保存法の要件に従っていないことだけで機械的に取り消されるわけではなく、保存の程度や書面保存の有無、今後の改善可能性などを総合的に考慮して判断されます。

Q&A｜電子帳簿保存法と請求書のよくある質問

PDFの請求書を印刷して紙でも保存してよい？

はい。社内確認や経理処理のために紙へ印刷すること自体は問題ありません。

ただし、電子取引として受け取った元のPDF等については、原則として電子データのまま保存する必要があります。

印刷した紙だけを残して、元の電子データを削除する方法では原則として対応できません。

紙でもらった請求書は必ずスキャンしなければいけない？

いいえ。

紙で受け取った請求書は、従来どおり紙のまま保存できます。

スキャナ保存は、紙の保管スペースを削減したい場合などに任意で選択できる制度です。

請求書を電子保存するならタイムスタンプは必須？

必ずしも必要ではありません。

電子取引データでは、訂正・削除履歴が残るシステムの利用や、訂正削除防止に関する事務処理規程を整備して運用する方法などがあります。

スキャナ保存でも、一定の訂正削除履歴が残るシステム等を利用する場合には、タイムスタンプを省略できます。

電子帳簿保存法対応の専用システムは必須？

必須ではありません。

取引件数が少ない事業者であれば、規則的なファイル名、フォルダ管理、索引簿、事務処理規程などを組み合わせて対応できる場合があります。

一方、取引件数や担当者が多い企業では、検索・権限管理・訂正削除履歴などをシステムで管理した方が業務負担を減らしやすくなります。

適格請求書を電子データで受け取った場合はどう保存する？

電子インボイスも、電子取引によって受け取ったのであれば電子データのまま保存します。

そのうえで、電子帳簿保存法の電子取引データ保存要件と、消費税法上の適格請求書等の保存期間をどちらも満たす必要があります。

電子帳簿保存法による請求書の保存方法まとめ

電子帳簿保存法で請求書を保存するときは、まず「紙で授受したのか、電子データで授受したのか」を確認しましょう。

PDF、メール、クラウドサービスなどの電子取引で受領・交付した請求書は、原則として電子データのまま保存します。紙で受け取った請求書については、紙のまま保存することも、要件を満たしてスキャナ保存することも可能です。

スキャナ保存では、入力期間、200dpi相当以上の解像度、重要書類の24ビットカラー、改ざん防止、検索機能などの要件を確認します。一定のシステムを利用する場合はタイムスタンプを省略できます。

電子取引データについては、改ざん防止措置と確認・検索できる状態を整えることが基本です。専用システムを使わず、事務処理規程や規則的なファイル名を利用して対応する方法もあります。

保存期間は電子帳簿保存法だけで一律に決まるものではありません。法人税・所得税・消費税など、対象となる税法の保存期間を確認し、複数の義務が重なる場合は長い方を満たすように管理しましょう。

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参考資料