領収書は電子帳簿保存法でどう保存する？紙・PDF別の要件とやり方を解説

電子帳簿保存法における領収書の保存方法は、「紙で受け取ったか」「電子データで受け取ったか」で大きく異なります。

結論からいうと、店舗や取引先から紙で受け取った領収書は、従来どおり紙のまま保存できます。一方、メール添付のPDFやECサイトからダウンロードした領収書など、電子取引で受け取ったデータは、原則として電子データのまま保存しなければなりません。紙に印刷したものだけを保存する方法では対応できません。

この記事では、領収書の受け取り方別の保存方法、電子取引データの保存要件、紙の領収書をスキャンする場合のルール、実務での対応手順まで、2026年8月時点の制度に沿って解説します。

まず結論｜領収書の保存方法は「受け取り方」で決まる

電子帳簿保存法とは？領収書に関係する3つの区分

電子帳簿保存法は、税法上保存が必要な帳簿や書類について、一定の要件のもとで電子データによる保存を認めたり、電子取引データの保存方法を定めたりする法律です。領収書に関係する保存区分は、主に次の3つです。

領収書の実務で特に重要なのは、「電子取引データ保存」と「スキャナ保存」の違いです。電子取引は電子データの保存が必要ですが、紙の領収書をスキャンするかどうかは事業者が選べます。

電子で受け取った領収書は電子データのまま保存する

メール、ECサイト、クラウドサービスなどを通じて電子的に授受した領収書は「電子取引」に該当します。2024年1月以降は、電子取引の取引情報を電子データのまま保存する必要があります。

対象になりやすい例は次のとおりです。

• メールに添付されたPDF・画像形式の領収書
• AmazonなどECサイトのマイページからダウンロードした領収書
• クラウドサービス上で発行・受領した領収書
• アプリやWebサービス上で確認する利用明細・領収データ
• EDIなどを通じて授受した取引情報

電子データを印刷して経理処理に使うこと自体は差し支えありません。ただし、保存義務を満たすためには、原則として元の電子データも保存しておく必要があります。

電子取引データの保存要件は「真実性」と「可視性」

電子取引の領収書を保存するときは、大きく「真実性の確保」と「可視性の確保」が必要です。専用システムがなければ対応できないとは限らず、事務処理規程とフォルダ管理を組み合わせる方法もあります。

真実性の確保｜改ざん防止措置を講じる

電子取引データについては、次のいずれかの方法で改ざん防止措置を講じます。

• タイムスタンプが付与されたデータを受け取る
• データを受け取った後、一定期間内にタイムスタンプを付与する
• 訂正・削除の履歴が残る、または訂正・削除できないシステムで授受・保存する
• 正当な理由のない訂正・削除を防止する事務処理規程を定め、規程に沿って運用する

可視性の確保｜すぐ確認・検索できる状態にする

保存したデータは、税務調査などの際に画面で確認し、必要に応じて出力できる状態にしておきます。また、原則として「取引年月日」「取引金額」「取引先」で検索できるようにするなどの検索要件があります。

専用システムを使わない場合でも、たとえば次のようにファイル名へ日付・金額・取引先を規則的に入れ、特定のフォルダにまとめる方法があります。

検索機能が不要になるケースもある

電子取引データの検索要件には例外があります。税務調査などで税務職員から電子データのダウンロードを求められた際に応じられるようにしている場合、日付・金額の範囲指定や複数項目の組み合わせ検索が不要になります。

さらに、その状態で基準期間の売上高が5,000万円以下の事業者など一定の条件を満たす場合は、検索機能の確保自体が不要となるケースがあります。

ただし、検索要件が不要でも、電子取引データそのものを保存しなくてよいわけではありません。保存義務と検索要件は分けて考えましょう。

紙で受け取った領収書は紙のまま保存できる

店舗で受け取ったレシートや、取引先から郵送された紙の領収書は、電子帳簿保存法によって電子化が義務付けられたわけではありません。従来どおり紙のまま保存できます。

一方、紙の保管スペースを減らしたい場合は「スキャナ保存」を選択できます。スキャナ保存の要件を満たした画像データを保存すれば、一定の場合に紙の原本を廃棄できます。

紙の領収書をスキャナ保存する主な要件

領収書は重要書類に該当するため、スキャナ保存を行う場合は一定の要件を満たす必要があります。主なポイントは次のとおりです。

原本をすぐ捨てるのではなく、読み取り画像が要件を満たしていることを確認してから廃棄する運用にすると安全です。

スキャナ保存ではタイムスタンプが必ず必要？

必ずしも必要ではありません。訂正・削除の履歴が残る、または訂正・削除ができないシステムに保存し、さらに入力期限内に保存したことを確認できる時刻証明機能を備えている場合は、タイムスタンプの付与要件に代えることができます。

そのため、システム選定では「タイムスタンプ機能があるか」だけでなく、スキャナ保存の各要件をどの機能で満たしているのかを確認することが重要です。JIIMA認証は対応製品を選ぶ際の参考になります。

電子帳簿保存法に対応して領収書を保存する5ステップ

1｜領収書の受け取り経路を洗い出す

まず、紙、メール、ECサイト、クラウド、アプリなど、社内で領収書を受け取る経路を洗い出します。電子取引に該当するデータがどこに散らばっているかを把握することが出発点です。

2｜電子取引データの保存先を決める

会計ソフト、経費精算システム、文書管理システム、共有フォルダなど、保存先を統一します。従業員個人のメールボックスや端末だけに残す運用は、退職・端末交換・削除などでデータを失うリスクがあります。

3｜改ざん防止方法を決める

タイムスタンプ、訂正削除履歴が残るシステム、事務処理規程など、自社が採用する真実性確保の方法を決めます。小規模事業者が専用システムを使わず運用する場合は、国税庁が公開する事務処理規程のサンプルも参考になります。

4｜検索・出力できる状態を整える

検索要件が必要な事業者は、日付・金額・取引先で探せるようにします。フォルダ運用ならファイル名の命名規則を決め、保存場所を一本化すると管理しやすくなります。

5｜従業員向けのルールを決める

「ECサイトの領収書は誰がダウンロードするか」「メール添付データはどこへ保存するか」「紙の原本はいつ捨ててよいか」までルール化します。電子帳簿保存法への対応は、システム導入だけでなく日々の運用を定着させることが重要です。

要件どおり保存できない場合の猶予措置

電子取引データを保存要件どおりに保存できないことについて、所轄税務署長が「相当の理由」があると認め、税務調査などで電子データのダウンロードと、そのデータを出力した書面の提示・提出の求めに応じられる場合には、保存時の要件を満たさなくてもよい猶予措置があります。

恒久的な代替策と考えるのではなく、通常の保存要件に対応できる体制を整えていくことが基本です。

電子帳簿保存法に対応しない場合のリスク

電子取引データを保存しない、または不適切に管理すると、税務調査時に取引の事実を確認しにくくなり、税務上の問題につながる可能性があります。

特に、電子取引データに関して隠蔽・仮装があり、そのデータに基づいて申告漏れ等が生じた場合には、通常課される重加算税に10％が加重される措置があります。

一方で、電子帳簿保存法の保存要件を満たしていないという事実だけで、直ちに青色申告の承認が取り消されると一律に考える必要はありません。個別の事情や他の帳簿書類の状況も含めて判断されるため、過度に不安をあおらず、まず保存データを失わないことと、改善できる運用を整えることが重要です。

2027年1月から電子帳簿等保存制度はさらに見直される

2026年8月時点では、2027年1月から電子帳簿等保存制度に新たな仕組みが加わる予定です。一定の基準に適合するシステムを使い、要件を満たして保存した電子取引データについて、電子取引データに係る重加算税の10％加重措置の対象外とする特例などが設けられます。

また、個人事業者の青色申告特別控除は2027年分から見直され、一定の電子帳簿保存等の要件を満たす場合の控除額が75万円となる制度が予定されています。2027年以降に運用を変更する場合は、国税庁の最新情報を確認してください。

Q&A｜領収書と電子帳簿保存法のよくある質問

PDFの領収書を印刷して保存すれば、元データは消してもよいですか？

原則として、元の電子データを消してはいけません。電子取引で受け取った領収書は電子データの保存が必要です。印刷した紙を社内確認用に使うことはできますが、紙だけの保存に置き換えることはできません。

紙でもらった領収書は電子保存しなければいけませんか？

いいえ。紙で受け取った領収書は紙のまま保存できます。ペーパーレス化したい場合に、任意でスキャナ保存を選択できます。

メール本文に領収内容が書かれている場合も電子取引ですか？

取引情報をメール本文で授受している場合も電子取引に該当し得ます。領収書PDFだけでなく、取引日・金額・取引先などの取引情報そのものを電子的に授受したかどうかで判断します。

電子取引の領収書には必ずタイムスタンプが必要ですか？

いいえ。訂正・削除履歴が残るシステムや訂正・削除できないシステムを利用する方法、事務処理規程を策定して運用する方法なども認められています。

個人事業主やフリーランスも対象ですか？

はい。所得税法上の保存義務者が電子取引を行った場合は、個人事業主も電子取引データの保存が必要です。事業規模によって検索要件が不要になるケースはありますが、電子データそのものの保存義務までなくなるわけではありません。

まとめ

電子帳簿保存法における領収書の保存は、受け取り方を起点に考えると整理しやすくなります。電子メールやECサイトなどで受け取った領収書は電子取引データとして電子保存が必要で、紙で受け取った領収書は紙のまま保存することも、要件を満たしてスキャナ保存することも可能です。

電子取引では改ざん防止と見読可能性・検索性を確保し、スキャナ保存では解像度や入力期限など固有の要件も確認します。ただし、検索要件には免除されるケースがあり、タイムスタンプもすべての保存方法で必須というわけではありません。

まずは自社で領収書を受け取る経路を洗い出し、保存先、改ざん防止策、検索方法、社内ルールを決めることから始めましょう。

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