電子帳簿保存法で過去の書類をスキャナ保存する方法とは？届出書の提出ポイントも解説

更新日：2025.07.28

ー目次ー

電子帳簿保存法の改正により、過去に作成・受領した重要書類もスキャナ保存が可能になりました。しかし、正しい手続き方法やルールがわからず困っている企業が多いのが現状です。

経理担当者や事業者の中には、紙で保存している過去の請求書や契約書などをデジタル化したいものの、法的要件や届出手続きに不安を感じている方も少なくありません。しかし、適切な手続きを踏むことで、保管スペースの削減と業務効率化を実現できます。

本記事では、電子帳簿保存法にもとづいて過去の書類をスキャナ保存する方法について、届出書の提出ポイントもあわせて解説します。

電子帳簿保存法とは、帳簿や国税関係書類を電子データで保存する際のルールを定めた法律

電子帳簿保存法とは、帳簿や国税関係書類を電子データで保存する際のルールを定めた法律です。企業の業務効率化や経理処理のデジタル化を促進することを目的として、段階的に改正が進められています。

電子帳簿保存法の保存方法は、「電子帳簿等保存」「スキャナ保存」「電子取引」の3つの区分に分かれています。とくに重要な変更として、2024年1月1日から電子取引データの電子保存が義務化されました。

電子取引データを保存する際には、以下の対応が必要です。

タイムスタンプの付与
訂正・削除ができないまたは履歴が残るシステムの利用
改ざん防止のための事務処理規程の策定・運用
ディスプレイ・プリンタなどの備えつけ
「取引年月日」「金額」「取引先」で検索できるようにする

これらの要件を満たすことで、法的に認められた電子保存が実現できます。

過去分重要書類とは、スキャナ保存を開始する日より前に作成・受領した重要書類

過去分重要書類とは、スキャナ保存の承認を受けて保存を開始する日（基準日）前に作成または受領した重要書類を指します（※）。基準日とは、電子帳簿保存法のスキャナ保存制度上で、紙の書類を電子データで保存することを正式に開始する日のことです。

法改正後は事前承認が廃止されたため、基準日は事業者が任意に決定した「保存開始日」とされています。ただし、過去分重要書類の電子化には別途「適用届書」の提出が必要です。

過去分重要書類のスキャナ保存は、2019年9月30日以降の適用届出書から活用可能となりました。これにより、スキャナ保存を開始する前に作成・受領していた古い書類も一度だけ電子化が認められています。

（※）重要書類とは、国税関係書類のうち、領収書や請求書などの国税庁長官が定める資金や物の流れに直結・連動する書類を指す。

【結論】過去分重要書類もスキャナ保存可能！おさえておきたい4つのポイント

2019年9月30日以降は、スキャナ保存を開始する前に作成・受領していた過去分重要書類もスキャナ保存（電子化）が可能です。これは電子帳簿保存法施行規則3条に定められており、入力期間の制限が撤廃されているなど、通常のスキャナ保存とは異なる特例的な取り扱いが適用されます。

ただし、適切な手順でスキャナ保存をしないと、税務調査で否認されるリスクや原本提示できないトラブルなどが発生する可能性があるため、要件を満たした正しい手順での電子化が重要です。

ここでは、過去分重要書類のスキャナ保存をおこなう際の4つのポイントについて解説します。

スキャナ保存するには、「適用届出書」の提出が必要
スキャナ保存要件にしたがってスキャンする
要件にしたがって電子保存をおこなう
必要に応じて原本を破棄することも可能

①スキャナ保存するには、「適用届出書」の提出が必要

過去分重要書類をスキャナ保存するには、書類の種類などを記載した適用届出書をあらかじめ提出しなければなりません。この手続きは、通常のスキャナ保存とは異なる特別な要件として設けられています。

届出書はe-Taxソフトを使用して作成・提出でき、法人の場合は納税地を所轄する税務署長に1部提出しますが、特定要件に該当する場合は2部提出が必要です。

重要なのは、適用届出書の受理を確認してからスキャナ保存をおこなうことです。届出書受理前にスキャンした過去分重要書類は電子帳簿保存法上のスキャナ保存の対象外となってしまうため、受理の確認が完了してから電子化作業を開始しましょう。

②スキャナ保存要件にしたがってスキャンする

過去分重要書類であっても、スキャナ保存要件にしたがってスキャン作業を実施する必要があります。具体的な保存要件は、以下のとおりです。

解像度200dpi相当以上で読み取る
256階調以上（24ビットカラー）で読み取る
「取引年月日」「金額」「取引先」で検索できるようにする（検索機能の確保）など

③要件にしたがって電子保存をおこなう

スキャン後の電子データ保存でも、保存要件を満たす必要があります。具体的な保存要件は、以下のとおりです。

14インチ以上ディスプレイまたはカラー印刷対応プリンタ、操作説明書などの見読可能装置を備付ける
少なくとも「取引年月日」「取引金額」「取引先」で検索できるようにする（機能の確保）
紙と同等の見やすさでの出力可能であること
保存に使用する仕様書や運用マニュアルなどを保存・備え付ける

④必要に応じて原本を破棄することも可能

電子帳簿保存法の「スキャナ保存」の要件に則って保存していれば、紙の原本を破棄できます。ただし、契約内容や訴訟・文書送付などの観点から、法務上の原本保持検討が推奨されるケースもあるため、原本を破棄する際には法務部門との相談をおすすめします。

過去分重要書類の適用届出書を提出する際のルールは？

過去分重要書類をスキャナ保存するためには、事前に税務署への適用届出書の提出が必須です。この手続きにはいくつかの重要なルールがあり、これらのポイントを理解し正しい手続きを進めることで、要件を満たした過去の重要書類の電子化が可能です。

ここでは、過去分重要書類の適用届出書を提出する際のルールについて解説します。

適用届出書は法人自体が提出しなければならない
適用届出書は税務署に提出しなければならない
有事の際は届出書を提出していれば要件が緩和される
適用届出書は重複提出できない

①適用届出書は法人自体が提出しなければならない

法人税にかかわる国税関係書類は、これを事業所の所在地に保存することも認められています。しかし、電子帳簿保存法の定義にもとづき、各事業所の長は保存義務者には該当しません。

電子帳簿保存法では、適用届出書の提出主体が保存義務者とされ、その保存義務者を「国税に関する法律の規定により国税関係帳簿書類の保存をしなければならないこととされている者」と定義しています（※）。法人税法では、法人税にかかわる国税関係帳簿書類の保存義務者を法人自体としているため、過去分重要書類の適用届書を提出する際は、法人全体で提出する必要があります。

（※）引用：国税庁「1．国税関係帳簿書類の電磁的記録による保存等の制度の概要」