インボイス制度と電子帳簿保存法の違い｜2026年最新ルールで電子インボイスの保存方法を解説

インボイス制度と電子帳簿保存法は、どちらも請求書の実務に関係しますが、役割は異なります。

インボイス制度は、主に「仕入税額控除を受けるために、請求書へ何を記載し、何を保存するか」を定める消費税のルールです。

一方、電子帳簿保存法は、帳簿や取引関係書類を電子データで保存するときに、「どのような方法で保存するか」を定めています。

2つの制度が重なる代表例が、メール添付PDFやクラウドサービスなどで授受する「電子インボイス」です。適格請求書として必要な記載事項を満たすだけでなく、電子取引データとして電子帳簿保存法の保存要件も満たす必要があります。

一方、紙で受け取ったインボイスは紙のまま保存できます。「インボイスだからすべて電子保存」「電子帳簿保存法があるから紙の請求書もスキャン必須」というわけではありません。

この記事では、2026年時点のルールをもとに、インボイス制度と電子帳簿保存法の違い、電子インボイスの保存方法、紙・電子それぞれの実務対応を整理します。

【結論】電子インボイスは「2つのルール」を同時に満たす

インボイスの保存方法は、紙で授受したか、電子データで授受したかによって変わります。

インボイス制度と電子帳簿保存法の違い

インボイス制度は「仕入税額控除」のルール

インボイス制度の正式名称は「適格請求書等保存方式」です。

本則課税で仕入税額控除を受ける買手は、原則として一定事項を記載した帳簿と、適格請求書等を保存します。

通常の適格請求書には、主に次の6つの事項が必要です。

電子帳簿保存法は「保存方法」のルール

電子帳簿保存法には、大きく3つの保存区分があります。

電子インボイスをメールやクラウドサービス等で授受した場合は、電子取引データ保存の対象になります。

電子インボイスでは2つの制度が交差する

適格請求書発行事業者は、紙の適格請求書を交付する代わりに、その記載事項を電磁的記録で提供することもできます。

具体的には、次のような方法があります。

電子インボイスは、インボイス制度上は仕入税額控除に必要な証憑であり、電子帳簿保存法上は電子取引データです。

そのため、買手は次の2点を確認します。

電子インボイスの保存方法｜メール・Web・クラウド別

PDFを印刷して紙だけ保存するのは原則NG

電子取引で受け取ったインボイスを印刷し、社内の経理処理や確認用として紙で保管すること自体は禁止されていません。

ただし、印刷した紙を保存したからといって、元のPDF等を削除してよいわけではありません。

電子インボイスの保存要件

①改ざん防止措置をとる

電子取引データについて、不当な訂正や削除を防止するための措置を講じます。

タイムスタンプは方法の一つですが、すべての電子インボイスにタイムスタンプが必須というわけではありません。

②ディスプレイ等で速やかに確認できるようにする

税務調査等で必要となった場合に、保存した電子インボイスをパソコン等の画面で明瞭に確認できる状態にしておきます。

必要に応じて速やかに書面へ出力できる環境も確保します。

③原則として「日付・金額・取引先」で検索できるようにする

電子取引データでは、原則として次の項目を検索条件として設定できるようにします。

専用システムを利用しなくても、規則的なファイル名や索引簿を利用して検索要件に対応できる場合があります。

なお、税務職員からの電子データのダウンロードの求めに応じられる場合は、範囲指定検索・組み合わせ検索が不要になります。

さらに、基準期間の売上高が5,000万円以下であるなど一定の条件を満たす事業者は、検索機能自体の確保が不要になる場合があります。

④保存期間中にデータを確認・出力できるようにする

担当者個人のメールボックス、閲覧期限が短いWebサイト、退職者のPC、解約予定のクラウドサービスだけにデータを残していると、法定保存期間の途中で確認できなくなるおそれがあります。

サービス上で保存する場合は、法定保存期間中にいつでもデータを確認し、必要に応じて出力・ダウンロードできるかを確認してください。

発行側・受領側の保存義務を整理

受領側｜仕入税額控除を受けるなら適格請求書等を保存

本則課税で仕入税額控除を受ける買手は、原則として一定事項を記載した帳簿と適格請求書等を保存します。

売手から適格請求書の記載事項に係る電磁的記録の提供を受けた場合は、その電磁的記録を保存することで仕入税額控除の要件を満たします。

発行側｜交付したインボイスの写し・提供した電子データを保存

適格請求書発行事業者には、交付した適格請求書等の写し、または提供した適格請求書等に係る電磁的記録を保存する義務があります。

電子インボイスをメールやクラウド等で提供した場合は、提供した取引データを保存できる仕組みを整えておきましょう。

インボイス関係の保存期間は原則7年間

消費税法上、仕入税額控除のために保存する適格請求書等や、適格請求書発行事業者が保存する適格請求書の写し・電磁的記録は、原則として7年間保存します。

保存期間は、受領・交付等の日の属する課税期間の末日の翌日から2か月を経過した日を基準に計算します。

法人税法や所得税法など、別の法律による保存義務もあるため、複数の保存義務が重なる場合は最も長い期間を満たすように管理すると分かりやすくなります。

紙で受け取ったインボイスは紙保存でOK

紙で郵送・手渡しされた適格請求書は、電子取引データではありません。

そのため、電子帳簿保存法によって紙のインボイスを必ず電子データへ変換する必要はなく、紙のまま保存できます。

保管スペースを削減したい場合などは、電子帳簿保存法のスキャナ保存制度を利用して電子化することもできます。

ただし、その場合は解像度、カラー、入力期間、タイムスタンプまたは一定のシステムによる改ざん防止、検索機能など、スキャナ保存の要件を満たす必要があります。

実務で迷わないための保存フロー

インボイス制度と電子帳簿保存法を別々の業務として考えるよりも、「取引証憑を授受する → 内容を確認する → 保存する → 会計処理する」という一連のフローとして設計した方が、保存漏れや確認漏れを防ぎやすくなります。

Q&A｜インボイスと電子帳簿保存法のよくある疑問

電子インボイスにタイムスタンプは必須ですか？

必須ではありません。

タイムスタンプは電子取引データの改ざん防止措置の選択肢の一つです。

訂正・削除履歴が残るシステム、訂正・削除できないシステム、訂正削除防止に関する事務処理規程など、別の方法で要件を満たすこともできます。

PDFのインボイスを印刷して保存すれば、電子データは削除できますか？

原則として削除できません。

電子取引で授受したPDF等が保存対象であれば、元の電子データを電子帳簿保存法に従って保存します。

紙への印刷は補助的な保存・確認方法として利用できます。

紙のインボイスも電子帳簿保存法でデータ保存しなければいけませんか？

いいえ。

紙で授受したインボイスは紙のまま保存できます。

任意でスキャナ保存する場合に、電子帳簿保存法のスキャナ保存要件を満たします。

インボイス登録をしていない個人事業主なら電子帳簿保存法は関係ありませんか？

関係する場合があります。

適格請求書発行事業者への登録と、電子帳簿保存法の電子取引データ保存は別の制度です。

インボイス登録をしていない個人事業主でも、所得税法等で保存義務のある取引情報を電子で授受している場合は、電子取引データ保存の対象になります。

メールで電子インボイスを送った側もデータを保存しますか？

はい。

保存義務のある取引情報を電子メール等で送付した場合は、送った側にとっても電子取引データとなります。

さらに、適格請求書発行事業者が電子インボイスを提供した場合は、インボイス制度上も提供した適格請求書に係る電磁的記録を保存する義務があります。

クラウド上で7年間見られるなら、PDFを毎月ダウンロードしなくてもよいですか？

一定の条件を満たせば、毎月ダウンロードする必要がない場合があります。

法定保存期間中いつでも該当する電子インボイスを確認・ダウンロードでき、税務調査時の提示・出力や電子帳簿保存法の保存要件を満たしている場合は、クラウドや取引先のマイページ上で保存する方法も認められます。

一方、閲覧期限が短いサービスや、契約終了後にデータへアクセスできなくなるサービスでは、期限前に自社でデータを保存しておきましょう。

まとめ｜「インボイスの内容」と「電子データの保存方法」を分けて確認する

インボイス制度と電子帳簿保存法は別のルールです。

インボイス制度は、主に仕入税額控除を受けるための請求書等の記載事項・保存要件を定めています。一方、電子帳簿保存法は、帳簿や書類、電子取引データを電子的に保存する場合の方法を定めています。

電子インボイスをメール、Web、クラウド、EDI等で授受した場合は、両方の制度を確認します。

まず、適格請求書として登録番号、税率、消費税額等の必要事項がそろっているかを確認します。そのうえで、電子取引データとして改ざん防止、見読可能性、検索機能などの要件を満たした状態で保存します。

一方、紙で授受したインボイスは紙のまま保存できます。電子帳簿保存法があるからといって、紙の請求書を一律にスキャンする必要はありません。

最初に「紙で授受したか、電子で授受したか」を分け、次に「インボイスとして必要な内容」と「電子帳簿保存法上の保存方法」を確認する運用にすると、経理処理を整理しやすくなります。

あわせて読みたい

参考資料